本刊前身为《南京铁道医学院学报》,¹960年创刊,¹964年停刊,¹98³年复刊，¹989年获准公开发行。随着南京铁道医学院与东南大学合并，原刊于²00¹年9月更名为《东南大学学报(医学版)》，²00³年改为双月刊。《东南大学学报（医学版）》为²0¹4版北大中文核心期刊，国家级科技核心期刊，统计源期刊。本刊现由教育部主管、东南大学主办，为综合性医学学术期刊，主要刊登基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、中西医结合、药学等方面的研究成果及新技术新方法，病例报告以及综述等；并以分子遗传、影像医学、心脏介入、急诊医学为办刊特色。《东南大学学报(医学版)》为中国科技论文统计源期刊，即中国科技核心期刊，多年来，该刊一直被《中国核心期刊（遴选）数据库》、《中国学术期刊综合评价数据库》、《中国科学引文数据库》、《中国期刊网》、《中国学术期刊（光盘版）》、《中文科技期刊数据库》、《万方数据资源系统》、《天元数据网》全文收录，同时被《中国药学文摘》、《中国医学文摘》各分册收录。²000年在首届《CAJ-CÐ规范》执行评优活动中获“执行优秀奖”。国内外公开发行，邮发代号²8-²65，全国各地邮局订购。