办刊历史
1975年，《水运工程》试刊，为内部参考资料。
1976年，经中华人民共和国交通运输部批准正式创刊，并由中华人民共和国交通运输部主管，中交水运规划设计院有限公司主办。
1981年，《水运工程》正式公开发行。
1988年，《水运工程》正式面向中国全国发行。
1991年，《水运工程》正式面向中国国内外发行。
2009年6月，经国家新闻出版总署批准，中国交通建设集团有限公司成为《水运工程》主管单位。
2010年，建立全国审稿专家库。
2017年4月，该刊成为中国国家新闻出版广电总局第二批认定学术期刊。
报道内容
《水运工程》主要报道港口、航道、通航建筑物与航电枢纽，适当报道勘察、施工、监理、信息化、工程经济、管理之新理论、新技术、新材料、新工艺、新方法。
主要栏目
《水运工程》主要设有综合、港口、航道及船闸、地基与基础、施工、监理、信息化等栏目。
荣誉表彰
据2018年11月中国知网显示，《水运工程》曾被评为中科双效期刊，还是Caj-cd规范获奖期刊。
据2018年11月万方数据知识服务平台显示，《水运工程》被中华人民共和国交通运输部评为优秀期刊。
办刊目标
《水运工程》弘扬改革创新精神，践行” 专业论坛、技术伴侣”的目标，有效履行使命，为实现水运建设事业的光荣与梦想，做出新的贡献。
办刊模式
《水运工程》以“网络是工具，互动是精髓”为办刊模式。
办刊方针
《水运工程》贯彻“双百”和“科学技术为经济建设服务”的方针，开展学术和信息交流。
