《杂交水稻》是由国家杂交水稻工程技术研究中心和湖南杂交水稻研究中心主办、袁隆平院士主编的杂交水稻领域唯一科技期刊。本刊为全国中文核心期刊、中国科学引文数据库(CSCD)核心库期刊、中国科技核心期刊中国知网等网上数据库全文收录期刊，2000年和2007年湖南省首届和第三届“十佳”科技期刊，2001年中国期刊方阵“双效期刊”，2003年荣获第二届国家期刊奖提名奖。以广大从事杂交水稻研究、开发、经营、推广和生产各个环节的人员，包括大中专院校、科研机构、种子生产和经营部门、推广部门及生产单位的有关人员为主要读者对象。国内已发行到全国有水稻种植的各省（市、区），国外已发行到美国、印度、越南等10多个国家和地区。现辟有“专题与综述”、“选育选配”、“繁殖制种”、“栽培技术”、“基础理论”、“国外动态”、“新组合”和“简讯”等栏目。
20世纪70年代，我国农业科技界的一项重大发明—杂交水稻，掀开了水稻生产史上崭新的一页，并使我国成为世界上第一个成功培育杂交水稻并大面积应用于生产的国家。20世纪80年代中期，杂交水稻正值高速发展时期，为了适应杂交水稻发展的形势，进一步促进杂交水稻科研和生产的不断发展，加速科研成果向现实生产力的转化，1985年9月，全国杂交水稻研究协作组在长沙召开的“六五”科技攻关成果验收会上，酝酿创办《杂交水稻》杂志。同年11月，经湖南省科委审批、湖南省出版局报刊发行处登记（登记证号136号），《杂交水稻》于1986年2月15日出版第1期，标志着其正式创刊。
创刊时，《杂交水稻》由湖南省农科院主管、全国杂交水稻研究协作组和湖南杂交水稻研究中心主办，季刊，16开本，48页，限国内、自办发行。1988年，改为双月刊，并获国内标准刊号CN43-1137，并改为交邮局发行，邮发代号42-88。1989年，重新改为自办发行；增加了英文目次，部分论文提供英文摘要。1993年，开始对国外公开发行，国外代号为BM4416；同年9月28日，获国际标准连续出版物号（ISSN 1005-3956）；全部文章均有英文目次和标题，主要论文设有英文摘要和图、表英文，并按照国家有关标准逐步实行规范化、标准化编排。1996年，主办单位更改为国家杂交水稻工程技术研究中心和湖南杂交水稻研究中心，并对《杂交水稻》编辑委员会成员进行了适当调整。1997年，改为彩色封页。2001年，由48页增至64页。2003年改为国际大16开本，从第2期起由64页增至80页。2005年改为交邮局发行，邮发代号42-297。2006年全新改版，版面增加至96页，外观更加美观，内容更加丰富。
杂交水稻的广泛应用大幅度提高了水稻产量，为解决我国十几亿人口大国的粮食自给难题做出了不可磨灭的贡献。通过成果推介、信息交流和知识传播等手段，《杂交水稻》杂志在推动杂交水稻事业的不断向前发展中，发挥了重要作用。