《中国中医基础医学杂志》创刊于1995年，是经原国家科委批准的学术性期刊，在国家自然科学基金委员会、国家中医药管理局、中国中医科学院的大力支持下，由中国中医科学院中医基础理论研究所主办。在杂志社全体人员的共同努力下，本刊在全国中医基础理论研究领域形成了一定的影响，成为中国中医科学院中医基础理论研究所对外树立形象、扩大影响的重要窗口。在导向中医基础医学研究、坚守中医基础理论阵地方面发挥了一定作用。
本刊1995年为季刊；1996年-1997年为双月刊；1998年后变更为月刊。在国内外公开出版发行，兼有海外发行。
《中国中医基础医学杂志》主要发表国家自然科学基金、国家社会科学基金、国家中医药管理局科研基金、各省市区及单位的科研基金项目文章。本刊坚持立足中医基础理论，兼顾临床基础研究，理论研究与实验研究相结合，基础研究与应用研究相结合的办刊方向。坚持发表以中医基础理论研究为主的文章，期刊栏目以理论探讨、实验研究和临床基础为主，根据学术研究热点、焦点和发展趋势，设立中医方法学、中医多学科研究、针灸研究、方药研究、临证验案、述评等栏目，突出在理论探讨、中医方法学、实验研究、中医多学科研究及述评等方面的优势。面向全国，兼顾国外。
创刊以来，本刊先后被以下数据库CA化学文摘(美)、JST日本科学技术振兴机构数据库(日)、中国科学引文数据库CSCD来源期刊、北京大学《中文核心期刊要目总览》来源期刊、中国科技论文统计源期刊、中国生物学核心期刊收录，成为中国学术期刊光盘版核心期刊、中文核心期刊中国医学类核心期刊（2004至今）、中国科学引文数据库核心期刊（2012至今）、中国生物学文摘和文献数据库核心期刊、中国科技论文统计源期刊、中国学术期刊数据库全文检索期刊，在国内外中医基础研究方面具有重要的影响。现任名誉主编为王永炎院士，主编孟庆云，现任社长兼执行主编徐世杰，副主编曹洪欣、吕爱平、潘桂娟、胡镜清。
