1、主体缺位、政策支撑不足。农民是承载着长期农业传统的特殊社会群体，是乡村的主体。乡村治理长期受内外部环境的制约和影响，农民的参与意识、法制意识、民主意识、市场意识、参与渠道都缺乏政策的保证和支持。行政干预当中缺乏尊重农民的首创。《农业合作社》在全国各地的快速发展，形成了一种新型的商业经营模式，但由于缺乏战略规划，政策法规不到位，内控不规范，民主管理制度，运行机制不健全等问题，难于适应现代农业的发展和建设，加之体系建设不完备、缺乏核心竞争力，形成了错综复杂的庇护关系，构建起庇护式治理网络，使乡村治理形格势禁，难于进行。
2、缺乏有效的乡村管理制度规范。乡村治理的目标是共同富裕，在群体、利益、观念相互作用下的制度执行中，以能人治村，项目进村催生出“经济能人治村”、“关系能人治村”的模式，在“村治主体的谋利冲动与村庄社会的项目诉求相互交织”的背景下“能人”的崛起，以自身在社会、经济、政治等结构要素的优势,形成权力为主导，以“去政治化”为主要表现形式，以“去目标化”为基本后果的“分利秩序”，获取项目和资源，并将决策支配权控制在“能人”手中,降低、脱离制度的监管和约束，扭曲、破坏了乡村发展的实施和乡村治理初衷，造成资源输入的不均衡和村民正当利益诉求，产生出质疑乡村治理的合法性和正义性，打破了乡村的公平正义的观念，使乡村分层中的结构分化形成难于跨越障碍和冲突。
3、资本介入造成对公平秩序的挑战。我国合作组织较之发达国家规模庞大的合作组织相比较，获取资金来源的渠道多为自筹、股金和自我资本的积累，加之，乡村合作规模较小，相对于抵御自然风险和市场风险能力较弱，更加阻滞了乡村自治合作的自我完善发展。快速乡村治理的扩张，必然需要外部资本的进入，短期内或因资本的介入，产生出不可复制的各种运动式的治理模式，会使农业农村社会发生暂时的转变，但在小农家庭经济与外部资本和外来因素融合当中，或因农业、小农家庭环境、经济理性的扭转变化、权责不对等、管理模式的简单粗；或因资源掠夺、土地、金融利益左右政策制度，使农民生存利润降低，失去获得感、安全感进而会形成敌对、冲突、合作破裂，这将会对营造乡村振兴战略所需的政治生态形成巨大的阻力。
4、农民的政治参与、合作意识较为薄弱。由于传统农民的历史局限性，受小生产的意识及依附状态侵害，形成凝聚、弥合社会结构的裂痕。随着人民公社的消亡和市场经济改革的深入，农村社会传统的信任结构被破坏，思想结构、利益获得呈现多元化日益明显，各种结构性的社会问题使农民无法承载，乡村社会组织体系、政治原则的缺位和不足，又缺乏真实有效的参与渠道，致使民主决策、民主监督、民主诉求的输入衔接难以实现，加深了相互间的抵触和不信任，导致政治参与、合作意识热情不高，乡村社会治理失序、权力失控的问题不断显现，基层治理日益内卷化，阻碍了相互间互惠、平等、互利的自治合作。