1.热带农业产业规模小，品质良莠不齐
热带农产品单位面积产量普遍不高，许多种植户为追求产量上升而不顾产品质量安全，农产品农残超标现象时有发生，农产品质量仍然较差，导致农产品难卖，加上农资价格上涨，热带农业经济效益增长缓慢甚至回落，难以调动农民的生产积极性。
2.热带农产品品牌建设滞后
热带农产品对生产要素的依赖性高，地域性和季节性强，导致其保鲜期短、质量不稳定、难于保证连续供应，这此问题直接影响了热带农产品品牌的发展。
我国有些热带特色农产品生长环境独特、营养丰富、质量较高，但是缺少品牌意识而没有被开发。品牌农产品的科技含量低、附加值低，我国热区地理标志产1220件，其中农产品达1167件，占总数的95%以上，在农业部注册的几乎全为初级农产品。由于高端领域缺乏自己的品牌，品牌价值没有得到深层次的挖掘，难以获得最大经济效益。
3. 热带农产品销售渠道不健全
热带农产品以传统分销模式为主，主要是以批发市场为核心，由农户、生产加工企业、批发市场、农产品集贸市场、超市。
热带农产品销售在“互联网+”电商发展中仍然面临产品难以标准化、物流成本居高不下、无特色品牌、人才缺乏等重重难题。
4.热带农产品宣传营销力度不足
热带农产品生产地在贫穷的热带地区，但消费却在发达的城市。生产地与消费地的地缘距离造成了一些信息不对称，如：生产者对消费市场不了解，初级农产品仍以产量为主，未注重质量的提升；消费者对热带农产品不了解、不信任。
消费者对热带农业的加工产品不熟悉，影响热带农业加工业的发展。如中国热带农业科学院研发了许多热带农业加工产品，包括日用品、食品、保健品、化妆品等，有许多性价比优于市场的产品。但因为宣传不到位，品牌效应未成形，导致市场占有率低。