细菌耐药性越来越普遍，越来越严重，长期使用抗生素会降低牲畜和家禽机体的免疫力，导致牲畜和家禽肠道菌群失调，还会造成畜产品和环境中有残留抗生素。耐药性的出现迫使人们不断使用新的抗生素，中国每年生产约21万吨抗生素原料，其中46.1％用于畜牧业，形成恶性循环。当抗生素的用量超过动物机体降解能力，抗生素就不能在动物体内完全降解，出现抗生素残留，进而形成“有抗食品”，对人体健康构成威胁，长期食用抗药性，荨麻疹或过敏症状等不良反应。抗生素的大量使用会引起动物免疫机能下降，反而增加机体负担，激发其他疾病。长期使用四环素类药物，可能会引发分解代谢，产生免疫抑制，减少肠道正常菌群的数量，使动物更容易被细菌感染。抗生素不仅会摧毁肠道中的有害细菌，同样也会杀死其中的有益菌。长期或高剂量使用磺胺类药物和氨基糖苷类抗生素可导致动物慢性肾功能障碍，持续和长期使用氟喹诺酮类抗生素可能产生弯曲杆菌耐药菌株，当超过规定剂量时可导致软骨中毒。抗生素可以通过各种方式持续地进入到环境，长期的暴露在环境中。由于抗生素本身是一种可以在低浓度下抑制或影响其他微生物活性的化学物质，因此抗生素对环境微生态的污染影响是显而易见的。
瑞典早在1986年就实施全面禁止畜禽饲料中添加抗生素作为促生长物质；欧盟在2006年全面禁止饲料添加抗生素；中国也从1994年开始逐步开始限制抗生素的使用，相继发布了饲料药物添加剂使用规范，修订禁用和限用的兽药，在2018年4月出台了《农业农村部办公厅关于开展兽用抗菌药使用减量化行动试点工作的通知》。但是全面禁止抗生素使用给畜禽业也带来很多问题，比如存活率下降、体重降低、料肉比升高和治疗疾病的费用增加、饲养成本增加等。根据统计，瑞典和丹麦在全面停用抗生素作为饲料添加剂后，猪肉价格上升3%左右；有资料估计，在畜牧业全面禁用抗生素后，猪肉和牛肉的价格每磅可能会增加3和6美分，鸡肉增加1美分。欧洲在开始禁用抗生素时，禽畜的养殖效率大大降低，荷兰在禁用后饲料效率降低了5%~10%，丹麦的国家猪生产委员会报告称，禁用抗生素后猪的生长速率由20 g/d 下降到10 g/d，断奶后易发生肠炎和腹泻等疾病，每头猪的经济损失合1.03 欧元。但是相对于添加抗生素产生一系列的安全问题和潜在风险来说，中国饲料减抗甚至无抗化必然是未来的发展方向。