1.水资源浪费严重
从新疆整个农业用水情况来看，由于一直以来均是使用比较落后的管理方式，比如采用大水漫灌，或者缺乏精细化管理等形式，使得该地区经常出现跑水、漏水情况发生。农业用水，绝大部分还是是利用传统满田灌的方式为主，毛灌溉定额达到每亩800m3，有的地方每亩超过1000m3，比如新疆南疆等地，这样高的灌溉定额，不但造成水资源浪费严重，而且还会使得土壤变得越来越贫瘠，很多土壤养分被流失掉了。再加上一部分灌溉区的水利工程老化，长期未得到修理，或者缺乏相应的配套设施，工程明知有问题，还要继续运行，这不仅使水资源浪费严重，而且还使得生态环境遭受破坏。
2.管理没有尽到职责
新疆虽然出台了河流区域规划与用水量控制策略，但是在实际水资源管理过程中，但没有起到有作用的管理效果。为了能够从灌溉区获得比较稳定水费收入，在实施管理职能过程中通常还要考虑到与灌区各用水户的关系，有一部分职能不能采取强制的办法执行，使得流域管理单位不能充分发挥其职责作用，流域水资源优化配置相当困难，导致很多定额管理制度与总量控制制度很难具体落到实处。
3.相关管理制度与措施不够完善
当前，新疆各地水资源管理制度还非常不完善，传统的管理制度一直更新很慢。随着时代发展，科技信息不断进步，传统管理制度就显得相当陈旧、落后，与新时代的水资源管理要求无法适应，经常存在脱节现象。此外，流域内国民经济用水结构存在不科学、不合理现象，导致水资源利用率与效益较低。还没有正式从供水与水资源需求两方面进行水资源利用率与效益方面进行研究。
流域内对山区各种灾害风险控制工程较少，导致流域机构没有办法对流域内水资源进行统一管理与调度。流域洪水与干旱缺水灾害等方面问题还是依然存在，流域区防洪能力不强，防洪工程也较欠缺，流域下游部分河道经常被开采成为耕地，导致行洪通道不畅通。引水工程基础设施薄弱，很多年未维修，安全性不强。
4.水资源管理不集中
新疆部分城市采取试行水务一体化管理之外，大多数城市处在条块化分割状态，且还有很多地方水资源管理部门出现各为自为政的现象。由于各部门职责交叉，权责并不是很清晰，要想做到水资源有效管理与合理配置非常不容易。而且小部分试行水务一体化管理的城市，也只是名称换了，其实质上管理并没有发生多大改变。此外，长期以来，在对水资源开发与利用时，很多地方还存在多头管理现象，地区之间、部门之间矛盾较明显，尽管通过加强水资源统一管理，能缓解一部分矛盾，但还是有很多地方存在不足。
5.生态环境破坏严重，影响水资源
在水资源贫乏的新疆，水是影响生态环境最为重要因素之一，新疆为了发展经济，进行大量的土地开发，务必会占去一定的水资源。因此必须要对水资源生态用水进行重新调整与配置。
为了发展经济，很多地方水资源随便进行开发与利用，相关水资源管理单位也听之任之，即使有部分单位进行管理，也是走过场走形式，没有采取有效管理办法进行治理，从而使得生态环境破坏非常严重。比如湖泊越来越小，湿地与绿地越来越少，沙尘暴天气增多等。所以，在一部分干旱地区进行水资源开发利用，一定要在保护生态环境与生态用水，使得生态系统在稳定的状况之下，对地区水资源承载能力进行科学论证，才能决策该地区经济发展模式与规律。