(一)农村环境治理立法体系不完善

1、农村环境保护立法缺乏系统性

目前，我国没有一部针对农村环境治理的专门法律，当前的环境立法也大多是针对城市环境问题的普适性法律。例如：被称为史上最严的2015年《环境保护法》中，只有5条（第33条、第35条、第49条、第50条、第51条）提及了农村环境治理，而且是部分零星的穿插在城市环境治理中的，没有专门的规定，缺乏强有力的针对性。从总体上来看，我国针对农村环境治理问题的法律基本处于空白状态，缺乏一个系统的专门针对农村环境问题的法律体系。

2、农村环境治理法律可操作性不强

在“城市中心主义”和城乡二元结构体制下，采取“城乡并轨”治理制度使得农村的环境法律内容在一部普适性的法律中往往成为城市环境法律内容的附属品，而且在没有充分考虑农村环境问题特征的情形下，只是进行概括性的、原则性的规定，往往使得法律成为一纸空文，出现法律“中看不中用”的现象。总之，当前我国农村环境立法基本处于空白状态，散见于一些法律法规中的内容也大都过于原则化，而且存在相互矛盾，缺乏可操作性。

(二)农村环境治理执法机制不健全

1、农村环境治理的执法机构不健全

我国现行的行政区划分为省、市、县、乡四级，乡镇是最基层的行政机构。但是，我国目前的环境监管机构只设置到了县一级，乡镇一级基本上没有设立环保机构，农村地区的环境监管尚处于空白状态。同时，由于乡镇政府盲目追求经济利益、对污染企业过度放纵以及农民缺乏环保监督意识，使得整个农村地区的环境几乎处于无人监管的状态，环境污染事故层出不穷，农村居民的环境权益也受到了严重的侵害。

2、农村环境治理的执法力度松软

我国现行的环境执法体制采取的是“多部门、分层次”的工作模式，但这种模式却造成了环境执法机构间职责不清、权责不明的状态，在“出风头”时，各部门一拥而上；在“担责任”时，各部门又互相推诿，这使得农村环境执法工作处于混乱无序的状态。而且，目前我国农村环境治理的资金主要来源于中央和地方政府的财政拨款，但长期以来我国一直将环境治理重心放在城市地区，中央政府每年投入到农村地区的环保资金过少，加之乡镇级政府财政收入有限，在发展经济和绩效考核的压力下，对农村的环保投入就更少了。

(三) 农村环境治理司法保障不充足

1、农村环境法律援助体系不完善。

在我国农村地区，由于大多数的农民受教育程度低，使得农民的环保意识十分薄弱。即使有的农民想维护自身的环境权益，也只能寻求当地的法律服务所提供帮助，很难获得优质的律师资源，而且我国环保社会组织的工作重心一般在城市，除非影响特别重大的环境问题，否则农村地区很难得到它的关注。

2、农村环境司法救济机制不健全。

由于我国的环境司法刚刚起步，在全国范围内尚未形成系统的环保法庭运行体系，也缺乏专业的环保审判人员，更不必论及在农村地区设置专门的环保司法机构。而且，我国的诉讼费用实行的是原告预交，每个案件的诉讼费用直接与诉讼标的挂钩，巨额赔偿金的环境诉讼案件往往使起诉方（环境侵权受害者）“望而却步”。此外，环境案件的专业性强、诉讼周期长、执行难度大等特点，也使法官们望而生畏。