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《淡水渔业》1971年由长江水产研究所创办，初期为内部交流资料。1974年，《淡水渔业》取得CN代号，初定为月刊，内容以专业技术为主，兼容科普，限国内正式发行。从1979年第3期开始，改由中国水产学会主办，长江水产研究所为出版单位，负责编辑出版工作。1986年，取得ISSN国际标准刊号，确定为双月刊，内容仍以专业技术为主，兼容学术，国内外公开发行。2005年后，刊物转型为学术期刊。
《淡水渔业》是水产类创办最早、连续发行时间最长的刊物，历史上以报道科学实验和生产试验为主要特色，在技术类期刊中保有传统的优势。历年的核心期刊和影响因子统计排名均在S9（水产、渔业类）前5名。《淡水渔业》是各级读者获得新的知识，了解同行工作进展的首选媒介；也是反映作者工作成绩，认定作者科研成果及作为作者申报技术职称的参考依据。《淡水渔业》兴旺时期与国外的杂志交换达100余种。
2005年后，为适应国家科技创新体制战略实施的需要，《淡水渔业》由技术性期刊向学术期刊转型。重点报道科研成果与科研动态，促进国内外学术交流，为教学与科研服务，为人才培养服务。主要刊登渔业生物技术、渔业资源、渔业设施、渔业环境保护、水产养殖与增殖、渔业生物病害、水产品加工与综合利用等方面的科学实验和生产试验报告，少量刊登研究简报和综述。
《淡水渔业》曾获全国优秀学术期刊、全国优秀农业期刊、全国优秀水产期刊等荣誉，分别被中国科学引文数据库(CSCD)扩展库以及《中文核心期刊》要目总览核心库等主流期刊评价体系收录为核心统计刊源；国际方面被日本科学技术振兴机构数据库(JST)，科技期刊世界影响力指数报告(WJCI)等收录。为国内外较有影响力的水产学术期刊。