李时珍在《本草纲目》中将咳嗽分为虚、实两大类，统领整个咳嗽的治疗。其中虚证又有气虚、阴虚、阳虚之不同，病位主要在肺。李时珍在《序例卷之一·序例上·神农本经名例》中曰：“惟咳嗽唾沫，此肺虚也，不治恐趁虚作肺痿。”在《木部卷之三十五·木之二·诃黎勒》中又记载诃子“同人参用则能补肺治咳嗽。” 均提及肺虚咳嗽。《禽部卷之四十九·禽之三·慈乌》主治条下载“补劳治瘦，助气止咳嗽。” 明确指出慈乌能补气治疗咳嗽。在《本草纲目》全书中记载治疗气虚或者肺虚咳嗽的还有人参、甘草、白芝、胡颓子、蜜蜡、羊肉、猪肉、貒肉、鹦䳇肉、黄芪等药。《主治卷之三·百病主治药·咳嗽》中载天花粉治疗“虚热咳嗽，同人参末服”，甘蔗汁治疗“虚热咳嗽涕唾，入青粱米煮粥食”，提出了虚热咳嗽的概念，即阴虚咳嗽。全书中治疗阴虚咳嗽的还有天门冬、麦门冬、团鱼等药物。《序例卷之一·序例上·十剂》记载：“咳逆数数，酒服熟雄”，以药测证可知治疗的是阳虚咳嗽，全书中治疗阳虚咳嗽的还有石硫黄、石钟乳、白石英、紫石英等药物。

实证又分外感六淫、内生病邪两大类。其中外感的有伤寒咳嗽，《果部卷之三十一·果之三·都咸子》记载都咸子“去伤寒清涕，咳逆上气，宜煎服之。”全书中治疗伤寒咳嗽的还有麻黄、附子、生姜、胡椒、毕澄茄、吴茱萸、黄环等药物。风热咳嗽，《草部卷之十六·草之五·酸浆》记载灯笼草主治“上气咳嗽风热”，全书中治疗风热咳嗽的还有杏仁、山豆根、金屑等药物。燥咳，《草部卷之十八·草之七·五味子》中王好古说五味子“治喘咳燥
嗽”，全书中治疗燥咳的还有栝蒌仁、海松子、大枣、酥等药物。风湿咳逆，《草部卷之十九·草之八·白昌》中引陶弘景言白昌“主风湿咳逆”。

内生病邪中最常见的是痰咳，《菜部卷之二十六·菜之一·莱菔》中引《日华子本草》说莱菔子能“消痰止咳”，全书中记载能治疗痰咳的药物还有礞石、葶苈子、狼毒、大戟、泽漆、蓖麻、半夏、射干、芫花、钩吻、牵牛子、胡桃、茗、杉、蚌粉、蚬壳、海蛤壳、秋石、滑石、硼砂、矾石、芦、知母、柴胡、苏子、黄环、天门冬、白药子、苦瓠、丝瓜、杏仁、仲思枣、柿霜、橘皮、银杏、无漏子、都念子、石蜜、刺蜜、蜈蚣、蛤蜊、蜗螺、盐麸子、荛花、延胡索、榧子、海枣、棎子、香橼、密陀僧、硇砂、栝蒌、灯笼草、黄芪、金果等，方有含膏丸、泽漆汤、射干麻黄汤、鸭掌散等。痰咳又按照兼夹邪气的不同，可分为风痰咳嗽，《草部卷之十七·草之六·天南星》记载，治疗“风痰咳嗽：大天南星一枚，炮裂研末。每服一钱，水一盏，姜三片，煎五分，温服。每日早、午、晚各一服。”治疗此类咳嗽的还有石胆等药。治疗气痰咳嗽，有玉粉丸、皂荚丸等方，皂荚、白前等药。痰热咳嗽，《草部卷之十七·草之六·半夏》记载治疗“上焦热痰咳嗽：制过半夏一两，片黄芩末二钱，姜汁打糊丸梧子大。每服二三十丸，白汤下。或以栝楼瓤煮熟丸。”时珍在《虫部卷之三十九·虫之一·五倍子》主治条下记载五倍子能“敛肺降火，化痰饮，止咳嗽”。全书中治疗痰热咳嗽的药物还有威灵仙、菘、海浮石、灯笼草、金屑、百药煎等，方有小黄丸等。寒痰咳嗽，《石部卷之九·金石之三·雌黄》记载雌黄“治冷痰劳嗽”，书中还记载生姜烧含能治疗“寒湿嗽”，海蛤、白僵蚕焙干研末茶水送服能治疗“酒后痰嗽”，栝楼同青黛丸服治疗酒痰咳嗽，白术丸可治疗“湿痰咳嗽”。

内生病邪所致的还有热咳，《草部卷之十二·草之一·沙参》载沙参根“清肺火，治久咳肺痿”，全书中能治疗热咳的药物还有不灰木、苦耽苗子、灯笼草、马蓝、玄精石、马兜铃、卷柏、桑花、马勃、百合、井泉石、鼠曲草、枇杷、桑白皮、桔梗、麦门冬、石苇等；方有清心丸、泻白散、三奇散等。寒咳，《本草纲目》中称款冬花为“温肺治嗽之最”，《菜部卷之二十六·菜之一·芥》记载白芥子能“温中散寒，豁痰利窍，治胃寒吐食，肺寒咳嗽”，治疗寒咳的药物还有硇砂、石硫黄、荩草、乌头、天雄、干姜、干生姜、蜀椒、桂、石钟乳、榈木、食茱萸、百部、款冬花、佛耳草、缩砂、紫苏、皂荚、雄黄、麦门冬等。其他的还有血瘀咳嗽，《木部卷之三十五·木之二·漆》记载干漆能“疗咳嗽，消瘀血痞结腰痛”。

虚实夹杂的咳嗽记载最少，《石部卷之九·金石之三·灵砂》记载灵砂养正丹：“治元气亏虚，阴邪交荡，上盛下虚，气不升降，呼吸不足，头旋气短，心怯惊悸，虚烦狂言，盗汗，腹痛腰痛，反胃吐食，霍乱转筋，咳逆。”为典型的上实下虚的虚实夹杂咳嗽。