PPP模式的基本合作框架是建立在契约基础之上的，是通过合同将政府和社会资本联系起来的，所以在签订合同过程中就需要考虑到关于交易成本的问题。而且由于公共服务项目的长期性以及经济政治环境的不确定性，PPP项目对于体制机制有着天然的敏感性。契约的不完全，体制机制的不健全会导致PPP运作交易成本的提高，影响社会资本的进入。目前我国关于体制机制存在的问题主要表现为下：
制度不完善。当前我国关于PPP项目立法完备程度不足三成，一方面某个部门或地方政府只有在设立PPP项目时才会制定出台相关的法律法规，缺少从整体社会规划角度出发的立法，而且法规层次较低，法律效力也受到了一定的约束，同时受影响的还有法规操作性受到了一定的制约，实施起来困难重重。另一方面PPP项目所涵盖的内容多，所涉及的程序十分复杂。如地方财政预算、工程招投标的实施、投资项目的管理、项目评价、价格监督管理等多方面的工作。目前的法规尚未形成完整的政策体系，实施起来有缺漏，有冲突。
体制不健全。一方面政府并没有根据PPP项目所具有的特点设立专门的办事协调机构，导致决策缺乏总体考虑和长远设计。二是PPP项目的立项审批流程创新不足。应具体问题具体分析，要根据不同PPP项目的特征设计专门的、有针对性的审批流程与项目评估标准，这样可以大大提高PPP项目实施效率。三是政府应出台对PPP项目的规范与指导，提高PPP项目的可持续性。
（二）PPP项目收益难以满足社会需求
目前，地方政府在PPP招标过程中，缺乏市场意识，很多仅仅是因为债务压力大，财政上有资金缺口，为解决融资需求,就把PPP当成灵丹妙药大力推行，导致大部分PPP项目在经济性分析上都难以满足社会资本的要求。在采用PPP化解地方债时，收益稳定的的优质项目，政府往往不会割让给社会资本，而收益低的项目即使折价给社会资本，也未必能引起社会资本的兴趣。这种矛盾导致目前的PPP项目大多为一些公益性项目，它的的公共服务属性导致其并不能从项目中获取超额收益。据市场测算，如果一个项目的投资收益率低于12%，就很难对于社会资本构成吸引。
除此之外，现今的PPP项目在细节上还表现为前期投入资本额大、运作管理效率低下、盈利模式模糊不清等等。而且像投资回报率以及项目的净现金流等这类型的财务数据很难测算，即使现在已有的数据本身的可靠性也有待商榷。这些弊端都导致社会资本无法准确把握PPP项目的未来实际收益，导致社会资本对项目望而却步。
（三）社会资本难以把控PPP项目风险
PPP的基本核心虽是利益共享、风险共担，但在实际推进过程中，政府和社会资本的地位悬殊，社会资本对于风险控制缺乏主导性。由于PPP项目投资较大、周期长，在整个存续期内存在众多的不确定性因素，如原油、钢筋价格波动等，使得社会资本难以把控PPP项目的实际风险，对实施PPP项目心存戒备。多年以来，地方政府部门在换届时，经常会出现“新官不理旧账”的情况，与之伴随的政策风险和地方政府信用问题，都是PPP项目实施面临的最大不确定因素。地方政府在以往项目推进过程中暴露出来的执行力弱、运营效率低以及缺乏契约精神等问题，也是导致社会资本顾虑重重，对PPP项目持观望态度的重要原因。
（四）PPP项目中社会资本的融资成本不占优
公共设施和公共服务项目对建设资金需求量往往都十分巨大，PPP项目公司成立后通常需要进行大量融资。我国私有资本在近年时间内得到了飞速的发展，但私有资本资金规模相对国有资本依然较小，信用等级相对偏低。而从国内来看，现在银行信贷依然是企业最主要的融资渠道。因此，即使现在央行连年降息，社会资本在通过现有融资渠道获得资金的成本和难度依然比较高。而PPP项目的公共产品属性，导致资本在整个项目中获得的收益相当有限。这样看来，整个PPP项目的实际投资收益率是相对较低的，这种情况下，较高的融资成本就成阻碍社会资本参与PPP项目的拦路虎，PPP项目本身对社会资本的吸引力就会下降。
（五）现行PPP模式单一
长期以来，我国PPP项目主要是以BOT模式为主，公共部门和社会资本之间往往需要经过一个长期的调查了解过程，针对项目要进行若干次的谈判和磋商，这些都导致项目前期过长，造成投标费用过高。同时机制不灵活，也降低私人企业引进先进技术和管理经验积极性。参与项目各方存在某些利益冲突，对融资造成障碍。这些不利因素都在客观上限制了BOT模式的推广应用。
