（1）水资源供需矛盾严重
全市水资源时空分布不均匀，水量汛期多非汛期少。洪涝年份水资源丰富，但又无法利用；干旱年份水资源短缺，再加上长江来水少，水资源严重不足。水资源供需矛盾，制约着经济和社会发展、制约着工农业生产的发展。
（2）水污染影响水环境
南通河网密布，引江排海灵活，但沿河沿江工厂、企业等超标排放废污水现象普遍，致使许多河道水质污染严重，造成水质型缺水严重。据统计局发布的信息，2017年，全市规模以上工业企业年外排水百万立方米以上26家，外排水量合计1.27亿立方米，占全市规模以上工业外排水量的57.5%。水污染严重影响着水环境和工农业生产，威胁人们的身体健康。
（3）水资源浪费严重
水资源浪费现象严重，农业方面灌溉技术落后，河网渠系输送水损失严重，水资源利用率偏低。工业方面，企业重复用水率普及面窄，全市有重复用水量的工业企业仅占规模以上工业企业总数的15%左右，大多数企业由于设备投入不足、节水意识较弱等原因重复用水量很小，甚至完全没有。另外节约用水的观念还没有完全形成，节水器具使用率不高，造成居民生活用水普遍浪费。