在中医学中，用得比较多的具体科学思维方法有以下几种：
1 比较
比较，即考查对象之间的不同与相同之处，是分析和确定研究对象之间的共同点或差异点的逻辑方法。中医学在临床实践过程以及探索人体生理病理规律的过程中，普遍地采用了比较方法，如仲景在《伤寒杂病论》中就常采用比较的方法进行辨证思维。仲景善于将相关的条文、症状、脉象、治法、方药等，进行相应的比较，推导出它们之间的差异，从而掌握事物的特征和本质。如在论汗症中，将第 12 条太阳中风证的“汗自出”，与 35 条太阳伤寒证的“无汗”相比较，分析“汗自出”为肌腠开泄之象，体现风性疏泄的致病特点，故“名曰中风”；而“无汗”为肌腠闭郁之象，体现寒性凝敛的致病特点，故“名曰伤寒”。
2 演绎
演绎，是从一般到个别的逻辑思维方法。在中医学中，演绎是常被用来阐释生命活动或用作疾病的诊断和治疗的推理方法。例如，张仲景在《金匮要略》中，提出了“夫治未病者，见肝之病，知肝传脾，当先实脾，四季脾旺不受邪，即勿补之”的观点，正是运用了演绎思维方法，即基于五行学说的生克制化规律，来推论肝病之后必然会传向脾，这是因为在五行的生克制化中，肝属木，脾属土，而木能克土，故当肝（木）病后，必然首先“传其所胜之脾（土）”。由于中医学经常用阴阳学说、五行学说、精气学说等哲学思想，说明人体的生理病理变化，或用以指导养生和疾病的诊疗。因而，演绎法在中医学中运用也是相当多的。
3.类比
类比法，是根据两个或两类研究对象之间某些属性相同或相似，推论出它们的其他属性也相同或相似的一种逻辑思维方法。在中医学中，称类比法为援物比类，基于整体观念，常以自然界和社会的事物来和人体内的事物相类比。例如自然界天寒则河水凝结不通，植物的营养多藏于根部，小动物藏于地下冬眠；天温则河水流畅，人亦与之相应。故《素问·八正神明论》说：“天温则明，则人血淖液而正气浮，故血易泻，气易行；天寒日阴，则人血凝沉而卫气沉”。这里将人体气血的运行和卫气的沉浮的状态，与自然气候的寒温阴晴变化相类比。如天气温和，日月明朗之时，人体的血液滑润濡泽（即“淖液”），卫气浮行于表，所以气血运行流畅。若天气寒冷，阴翳蔽日，则人体的血液流动艰涩，易致凝滞，卫气也因此沉伏于里。
中医还常用类比法来探求病因。如在自然界，树枝自己是不会动的，被风吹了才动，微风时树叶颤动，风较大则树枝摇动，风太大则整棵树被倾倒，只有风平息了，树才能恢复平静。因此，中医认为，人体四肢和头部不自主的振颤、摇动，严重时人突然仆倒、半身瘫痪等病症，都是风所引起的。
通过把自然界中的万事万物进行观察、分析、分类，归为由五大类物质：木、火、土、金、水构成。采用取类比象的方法，认为人体的构成也如同自然，也是由木、火、土、金、水五大类物质构成，因而生命的正常和异常过程，均是这五种物质相互资生、互相制约的结果。通过长期的医疗初中和临床观察，将与自然界的木类相似的一类人体组织及功能活动归为“肝”系统。同样，依次归类为“心”系统、“脾”系统、“肺”系统、“肾”系统，并按照五行生克制化规律依次类比，各赋予相应的特性。