1.中医药整体的弱势地位
相比中医，西医具有直观、微观、广谱的性质，且理论严谨、上手快、治疗成本低、见效快，容易被患者理解和接受，西医占据大部分国内医疗市场，已然成为国内现代主流医学，加上西医对中医的排挤及受一直以来中医存废争论的影响，中医弱势地位愈发明显。虽然中医界正在努力与现代科学接轨，并已取得许多成果，但由于中医理论和经验尚未经现代科学证实，而科学检验需要时间，尤其是对中医这样庞大的体系。进而影响到民众对中医的认可度，患者理解中医科学性及对医疗健康的重要意义需要相当长的时间。
2中医药治疗相比西医时间长且复杂
中医治疗原则是辩证论治和整体观念，需要考虑病患身体整体状态综合调整，会根据身体情况变化调整药方，也就是一边治病一边纠偏，因此，相比西医，中医药治疗耗时更多更长。现代人生活节奏快，对自身健康不重视，不愿承受反复就诊负担，大部分的病患在中西医之间选择更偏于西医。加上中草药煎煮过程复杂，味苦
3综合医院对中医药重视不足
中医科在综合医院中所给予的资源和投入相比其它科室低，设备投入、学术支持、科研资源、新技术新项目开展等均滞后于西医的投入。一是由于一般综合医院领导多是西医出身，对中医本源及发展了解不多，甚至某些领导自身本能不接受中医，更谈不上扶持和发展。二是综合医院多年的习惯，中医大多集中在医院中医科和康复科，病源有限，且医院的西医拒绝将患者推荐给中医，中医科接待的病患也通常仅是一些长期慢性疾病、妇科疾病等，病种相对单一，中医传统强势学科已基本被西医垄断。三是中医药治疗价格低廉，面临当下综合医院以创效为目标的经营状态，无法成为综合医院的主导治疗方向。
4中医药人才严重缺乏
中医素质良莠不齐，江湖骗子伪中医破坏患者对中医的信任程度，加之长年中医待遇偏低，民间中医和学院派中医相当一部分中途改道更张不从事本专业，人才流失严重。且中医属经验医学，需要长期实践积累，优秀中医医生培养过程漫长。而西医治疗可实现标准化流程，加之近年临床路径的大力推广及DRG分组的应用，一名西医生的培养年限及培养成本较中医会更加缩短，种种原因导致优秀学子在医学教育选择上更多地倾向西医学。