政府搭建农产品质量追溯平台的基本思路是设计了一套能够满足“政府主管部门对农产品质量监管、生产经营者对农产品质量管控、消费者对农产品来源查询”三位一体的农产品质量追溯解决方案，实现对食用农产品“从农田到餐桌”的全过程追溯管理。
目前，国内的食用农产品质量追溯系统除了有政府主导建立的，还有企业投资建立的。陈红华等（2017）根据大量的实地调研和相关信息，从实施动机及所需条件、建立的成本与收益、所采用的技术手段、利益保障机制及推广难度等多个维度对两类追溯系统进行了详细的对比和分析，使我们得以清晰而全面地认识可追溯系统的本质及在中国实施现状。但是笔者认为从有利于政府对食用农产品质量监管以及综合考虑追溯系统建设成本和收益的角度分析，政府主导型是趋势。因为政府主导型追溯系统有利于建设一个融合政府食用农产品质量监管、生产者质量管控和消费者质量追溯信息查询于一体的公共服务平台，避免各个企业单独建设追溯平台所造成的信息孤岛；同时，政府投资建设和维护一个公共服务平台所花费的成本，肯定会小于全国有意愿为自己的产品建立追溯体系的生产者各自单独建设追溯平台所花费的总和。因此，相对于每个涉农企业（合作社）或农场主单独构建自己的农产品质量追溯系统，由政府主导构建统一的农产品质量追溯平台是一项成本更低的制度安排。
此外，在政府监管层面上，由政府主导建设的“国家农产品质量安全追溯管理信息平台”+“各省级农产品质量追溯平台”实现了对全国各省区农产品产地、采收、加工、包装、销售等信息的统一管理，有助于改变我国农产品质量安全管理多年来分段监管所造成的信息孤岛问题。在生产者质量管控层面上，由政府主导构建统一的农产品质量追溯系统使得农产品生产经营主体的质量追溯管理工作有据可依，有利于实现农产品质量追溯的标准化和规范化。在消费者信息服务层面上，由政府主导构建融合了“政府质量监管、生产者质量管控和消费者信息服务”的统一的农产品质量追溯平台，可以提升消费者对可追溯农产品质量的认知，从而增强其为可追溯农产品支持较高溢价的意愿。