作为现代生物技术的产物，转基因产品的食用安全性始终是民众最为关心的问题，而合理可靠的安全评估指标可以在很大程度上消除民众的风险感知。当前，国际公认的转基因产品安全评估指标主要有实质等同（Principles of Substantial Equivalence）、营养学评估、毒理学评估以及过敏性评估四项。
1.实质等同原则
实质等同原则由世界经济合作与发展组织(Organization for Economic Co-operation and Development，OECD)在1993年提出，是目前国际上普遍认同的针对转基因食品安全性进行评估的基本原则。实质等同指的是如果一种新食品或食品成分与已存在的食品或食品成分实质等同，就两者的安全性来说，是可以等同看待，换句话说就是利用转基因技术生产研发的新食品或食品成分与传统食品或食品成分是一样具有安全性的。
2.营养学评估
营养学评估主要包括转基因食品与传统食品在关键营养物质（如蛋白质、淀粉、脂肪等）、抗营养因子以及天然毒素等方面的对比。通过饲喂动物模拟人体对转基因食品的营养利用率是营养学评估的重要手段。
营养学评估的理论基础是按照个案处理原则(Case by Case)，即在转基因技术及其产品的风险性评价与安全性中，有针对性地对逐个个案进行评价分析，以利充分了解和全面的掌握个案。然而，在执行营养学评估的过程中，该原则易产生程序僵化、效率低下、成本高昂等问题，比如欧盟在针对转基因生物的环境释放和转基因产品的市场进入许可时，施行逐一准入和安全性评估，因此，导致转基因产品的审批过程相当漫长。
3.毒理学评估
毒理学评估则是转基因产品食用安全性评估的重要内容，主要包含两部份，分别是对外源基因表达产物的毒理学评估和全食品毒理学评估。前者是指对外源基因表达新蛋白的详细评估，研究必须对比新表达蛋白和已知毒性蛋白、抗营养因子的核酸、氨基酸的序列是否为同源，据此作为毒理学评估指标之一；后者则是对非预期效应的评估，主要是分析转基因生物对人体健康可能造成的长期影响。