随着生产力的不断提高农业结构的调整加之供给侧结构性改革的政策引导，农业生产过程中对农业传统产品的改良和新产品的研发，农业科学技术在农业生产过程中的作用愈发明显。作为以科研服务农业基础生产的应用型农业科研单位，科研管理的角色也愈发重要。对于农业科研院所而言，相较于快速发展的农业科技水平而言，科研管理的作用在农业科技水平中的作用越来越重要。基于此，新形势下的农业科研院所若仍采用传统的垂直式科研管理模式势将会造成科研工作积极性差、职责不明确、工作效率低、资源浪费等问题的出现，故，在应用型农业科研院所中科研管理的工作首先，以服务农业科研院所的科研工作为基础，确保科研项目的申报、管理、运行。其次，结合农业科研成果建立高效的科研评估机制，促进科研成果的转化。
1.服务是基础
山西省农科院所作为应用型农业科研研究单位，其职责是以服务地方农业生产为主，为满足市场需求及地方农业生产需求提供技术、办法支持、新产品的供应，同时兼顾对新技术、新产品研发和创新的农业科研工作。科学研究不仅代表该区域农业的发展水平，同时也是农业科研单位的主要工作，故，院、所科研管理工作应当以服务院、所农业科研需求出发，完成相关课题申报、鉴定、验收、成果转换的工作，同时完成科技信息资料的收集工作为各项科研工作提供参考。为农业科研工作提供保障，全力做好服务工作。
2管理是抓手
应用型农业科研单位其宗旨和目的是为了服务地方农业生产出发，若在农业科研过程中所形成的的成果不能够达到成果的应用，农业科研也就是去了其意义。故，农业科研单位的科研成果须以农业生产、市场需求相联系，科研管理工作应抓住市场需求、农业生产和农村发展的需要，做出前瞻性、及时性的预判引导农业科研的工作方向，以服务农业发展为出发点确保科研项目在评审、立项、执行、验收过程中紧贴社会农业发展。同时，科研管理工作应深入农村发展、企业生产单位，了解农业发展现状，建立合理的科研评价机制，激励农业科研研究者的科研动力。