（一）高校科研经费协同治理内涵
协同治理是上个世纪九十年代源于国外公共问题治理范式的革新，其理论来源是协同学与治理理论交融而成的治理多主体有序化的交叉理论，协同的意思是平等、协作，它是一种价值理念和管理手段；治理则是政府和社会实现合作有效地处理公共事务的过程，是一种行为选择和管理目的。著名学者、美国哈佛大学教授Donahue指出为了追求政府所设定的公共目标，向政府以外的主体分配或共享自由裁量权，并实现合作共赢的过程。协同治理理论在此基础上还侧重于让公共部门、市场主体、公民社会等组织通过自愿合作、协商等方式来拟定各方均认可的治理目标，建立合作关系来实现治理公共事务。 伴随着我国政府执政理念的转变，政府治理已经越来越成熟，而高校纵向科研经费治理作为政府治理的延伸，也逐渐从完全的垂直行政管理转变为协同治理的公共管理改革模式，在协同治理理论视域下构建科学严密、制约有效的高校科研经费协同治理体系，探究其治理中主体协同的困境，提出既符合国家科技创新发展的利益又适应高校科技自主发展的科研经费治理优化路径已成为迫切需要解决的问题。
（二）高校科研经费协同治理理论特征
1、多主体平等参与共同认可的的制定过程
目前，协同治理理论被认为是一种“去中心化”的公共治理学说，它是通过明确各主体组织的任务职责，根据规则构成友好与合作的协同关系，实施公共事务治理促进社会正向态势发展。随着政府治理的改革进程，高校科研经费治理已由一元治理模式转变为各级政府科技管理部门、高校科研经费管理相关部门、纵向科研项目团队这三大主体共同参与的治理模式；治理中三大主体地位平等并配合与协作，从而能够将科技资源整合配置达到最佳的协同效果。在目前政府治理体制下，各级政府科技管理部门仍然作为主导主体，高校科研经费管理相关部门和纵向科研项目团队作为同样重要的治理主体共同参与，在现有的法律法规框架及科技政策制度规范引导下，按照政府财政拨款的高校科研经费治理目标进行平等对话和协商合作，资源整合和过程协同，从而取得最优化的高校科研经费治理效能。
2、核心维度带动多维互动合作的共治过程
权力运行是以高校科研经费治理为载体，基于有效治理高校科研经费的需要而形成的一种支配力，各个主体的权力运行所指向的客体则是基于治理目标认同和对高校科研经费治理使命感而形成对支配力的服从。不同主体共同存在和治理高校科研经费的事实都表明不同主体对其它主体的相互认同和需要，从而实现了高校科研经费治理中因为需要而引发主体行动控制和权力多维运行；在实际运行过程中，各级政府科技管理部门仍是权力的核心维度，但高校科研经费管理部门和纵向科研项目团队对各级政府科技管理部门的支配力则来源于其合法性需求，客观上形成了协同治理权力多维互动的实现过程。