（一）增值税纳税人双轨制的弊端
1.有违税收公平原则
同等情况，同等待遇，是税收公平原则的核心要义。同等情况的同等待遇，不仅指税负相等，亦包括对基本税收制度的要求。基于税收公平原则的适用范围和要求，同等情形下的纳税人安排应具有一致性。在资管产品销售金融商品交易中，无论资管产品的法律形态是公司、合伙抑或契约，其交易属性和交易结构相同，均为销售金融商品。对于交易属性和交易结构相同的交易，实施双轨制的增值税纳税人设置，显然悖离了税收公平原则之同等情况同等对待的要求。
而且，由于纳税人双轨制安排对税法公平原则基本要求的悖离，相应的纳税人制度无从构建起实质的正当性与合理性。尽管税收法定原则赋予税收规则形式上的正当性与合法性，但税收规则还需要在内容层面，获得实质性的正当性与合法性。遵从税收公平原则、量能课税原则等价值取向，税收规则方能在内容层面获得实质正当性与合法性。由此观之，资管产品销售金融商品情形下，有违税收公平原则的纳税人双轨制设置，缺乏实质的正当性与合法性。
2.增加无谓的税制遵从成本和难度
对同一交易的双轨制纳税人设置，无疑会在税收征缴实践中增加遵从成本。增值税纳税人双轨制意味着，同一个资管产品管理人所管理的不同资管产品，实施销售金融商品交易时适用的课税规则不同。管理人需要根据其管理的资管产品之法律形态之差别，区分和确定各类资管产品销售金融商品中的增值税纳税人，并履行纳税人缴税程序，或协助作为纳税人的资管产品履行缴税程序。由双轨制纳税人设置衍生出的两套征缴程序，不必要地增加了各方的税制遵从成本。
此外，双轨制纳税人安排中以管理人为纳税人的设置，既使管理人承受歧视性待遇，亦造成管理人权责极不匹配的状况，从而抑制和削减了管理人的税制遵从意愿。固然，在契约型资管产品销售金融商品的情形，“以资管产品管理人作为增值税纳税人，赋予管理人纳税主体的身份，解决了资管产品纳税主体不明确、征管难的问题”。然而，此等安排及其所构成的纳税人双轨制，对管理人施加了过重的责任和义务，与其交易中的地位和权益显著不相称。
管理人仅是为投资者的利益代为运用资管产品买卖金融商品，资管产品销售金融商品的价差收益或损失，均不归属于管理人，而是经由资管产品流向背后的投资者。但是，在契约型资管产品销售金融商品中，对管理人设置的增值税纳税人身份，不单意味着缴纳税款的义务，还有接受检查等义务。甚至还需要以自身财产为税款及时、足额缴纳进行兜底，并承担相应的潜在责任。两相对照，对管理人所施加增值税纳税人的义务和责任，远超过其在交易中的法律地位和所享有的权益。