在业财不断融合的大背景下，高校内控管理呈现出评价机制不完善、信息化水平不高、与管理目标匹配度弱化的问题，导致业务规范力度不足，风险防范存在缺失，不利于高校长远事业发展。
（一）内部控制评价机制不完善
内控评价是内控体系的重要组成部分，然而目前高校的内控评价和监督过程普遍不尽完善。一是内控评价和监督工作流于形式，落实不到位，缺少系统的评定和考量标准，执行力度不足，同时缺少从全局视角对学校经济活动的风险评估和监控，尚未形成内外部结合的评价体系；二是评价结果运用效果不显著，缺少完整的应用和反馈机制，考评结果未与相关部门、人员的绩效考核挂钩等。
以预算管理为例，部分高校存在预算编制环节未对全部项目设定具体可考量的绩效目标；未定期对预算执行情况进行分析；预算执行过程缺少有效监督和风险控制；未对所有部门开展预算绩效评价工作等现象，导致预算管理效率不高，对学校长远发展保障不足。
（二）内部控制建设信息化支撑不足
数字经济时代，大数据、人工智能等新技术手段赋能会计行业，对财务管理提出挑战的同时也提供了新的发展方向，但自高校内控建设启动以来，信息化水平一直不高，尤其在高校经济活动日趋复杂和多样的背景下，缺少信息化支撑的内部控制机制呈现出对风险防控力度不足等问题。
信息化建设不足主要体现在两方面，一是内控建设中信息化覆盖不全面，六大业务层面未全部建立独立的系统平台，各业务模块间联通机制不完善，存在以手工方式收集资料、传递数据等现象，同时日常核算管理中缺少对于智能财务的探索；二是尚未形成信息共享服务平台，业务系统和财务系统数据共享程度不足，资产、科研、财务等部门间存在信息孤岛现象。
（三）内部控制与管理目标匹配度弱化
随着《政府会计制度》、《预算法实施条例》等的陆续出台，高校管理目标更加突出强调预算管理的全流程性、资金使用的效益性以及债务风险的防范能力等层面内容，同时高等教育内涵式发展的战略理念，使高校覆盖的经济业务更加全面和丰富，会计职能也从传统的核算和监督逐步转变为预测、决策和评价等扩展性职能。内部控制建设应与学校事业发展方向和财务管理需求相匹配，而现行的内控管理体系普遍存在制度和流程更新不及时、执行过程流于形式、引导与规范力度不足等问题，与当前管理目标匹配度弱化，管控范畴存在缺失。