尽管当前宁夏农业合作社发展的成效较为显著，但根据全区土地确权登记和土地流转面积统计，土地流转面积总量仍然较小，农村土地经营仍以个体小农户为主。土地经营规模小而分散的特征不利于壮大农村集体经济，保障农户利益的农业合作组织尚未形成完整的体系。
1 合作社规模普遍偏小，农企地位相差悬殊
近年来，宁夏农业合作社的发展已初具规模，但制度还不够规范，发展质量仍然堪忧。农业专业合作社规模普遍偏小，内部组织结构松散，对农业产业化带动能力有限。部分农业专业合作社尚未实施标准化生产，服务基本停留在信息和技术咨询等层面。部分地方片面追求“企业+合作社”的模式，反倒弱化了合作社对农民利益的保障，与企业合作谈判之时，合作社的作用不明显，导致农户与企业地位悬殊，无法保障自身权益，加大了农户参与经营的风险性。许多地区把农户与合作社的利益联结机制，狭隘地理解为对农户的利益分配机制，致使农户与合作社之间难以形成互惠共赢、风险共担的协作机制。
2 农业社会化服务发展滞后，科技支撑能力不足
一是生产性农业社会化服务业发展滞后。由于各类农业社会化服务组织发展不平衡，生产性服务组织发展滞后，特别是经营性农业社会化服务实体和专业服务合作社数量少、规模小、经营服务项目单一，与农业产业融合发展的实际需要还有较大差距。二是农村综合性信息化服务平台建设滞后。全区电商平台发展迅速，但农村综合性信息化服务平台建设滞后，农村电商发展覆盖面小，无法为全区所有农户提供乡村旅游、价格信息、电子商务、农业物联网、公共营销等方面的服务。三是农业科技人才短缺、科技支撑能力不强。随着农村青壮年劳动力大量转移就业、农业社会化服务机构人员的老龄化发展，农村实用科技人才大量短缺，“谁来种地”的问题逐渐凸显。农业科技创新和科技推广能力薄弱，高新技术成果有效供给不足，粗放型经营方式没有得到根本改变，农业比较效益低。农业机械装备结构不合理,大型耕作机械总量不足。肉牛、肉羊养殖除规模化养殖场外，农户家庭养殖场机械化、智能化水平极低。
3 经济实力普遍较弱，资金缺乏问题明显
宁夏大部分农业合作社是2007年颁布《农民专业合作法》后成立的，处于发展的初级阶段，资金普遍较为匮乏，经济实力比较薄弱。大量的新建合作社没有固定的办公场所，有的甚至直接在家办公，管理运营极不规范，容易滋生账目不清问题。由于农村金融发展滞后，各大金融机构还不能满足农村农业信贷需求。农业发展银行只在县城设有营业网点，且主要为国有粮食流通企业提供服务。农村信用社营业网点虽能延伸至乡镇，但由于自身实力不强，所以也不能满足农村农业信贷需求。村镇银行成立较晚，存贷规模小。虽然不少村庄建立了农村互助资金，但资金规模依然较小。
4 权益保护制度不健全，农户利益易被边缘化
农业合作社的建立，有利于推进农村资源、资金、技术、人才等生产要素优化组合。然而，当前许多地方在农村资源开发和农业产业化发展进程中，对于如何有效保护农户的基本权益，尚未形成有效的制度安排，致使农户缺乏规划参与权与资源收益分享的谈判权，被动接受既定现状，加剧了弱势农户的利益流失。部分地区优势商业资本凭借对地方政府的影响力，强势介入当地农业项目，垄断农村资源开发，侵占农户、特别是弱势小农户群体的利益。因此，如何完善农业合作社的利益联结机制，让农业合作社更好地带动农户参与农业生产与经营，带动农业提质增效，值得加以深入思考。