1 共享氛围不够浓厚，设备利用率有待提高。龙岩市大型仪器资源共享服务平台建成并投入运行后，尽管龙岩市科技局常态化组织相关人员深入各县（市、区）、科研院所、重点实验室和龙头企业等地调研和宣传，同时在各级媒体上发布科学仪器向社会开放的相关工作信息，已经有43家仪器单位的仪器设备向社会开放使用，但是大多数仪器仍然处于为单位自身服务的状态，实际对外发生共享服务的情况还不理想。主要原因在于：部分仪器使用需求者没有深入了解平台的科研设施仪器情况和相应的政策，导致政策的落实、直接从平台预约使用的数量不足。对需要使用开放共享科研设施仪器的单位来说，把自己研发的产品或技术送至他方甚至是竞争对手那里进行检测，可能存在自身产品和相应技术参数泄漏的风险。
2 仪器管理单位配套服务制度不够健全，服务水平不高。不少仪器单位存在仪器共享服务机制不完善、考评和奖励机制不完整的问题，导致已有的考评措施和政府部门给予的奖励机制落实不到位。按照龙岩市关于推进大型科研仪器开放共享的有关要求，各仪器管理单位必须进行制度配套和服务流程规划，建立一套完整的共享服务及绩效奖励机制，但大部分仪器共享依托单位并未建立配套服务制度，导致可操作性不强；而部分仪器单位虽然制定了对外使用管理办法，但在实际运行中也未执行到位。
对仪器单位而言，在购置科研仪器设备时均有其强烈的目的性，即本单位自身科研应用的需要。一方面，将设备进行开放共享，需增加制度成本、管理成本，对仪器单位自身的经济效益贡献也不大，因而科研设施仪器开放共享比例不高；另一方面，由于绝大多数仪器单位购买科研设施仪器的初衷是为了满足本单位科研和生产需求，因而基本上没有进行国家实验室认可和认定，造成使用者在使用开放的科研设施仪器时存在检测技术和水平的顾虑。
3.体制机制不够完善，对科研设施仪器运营维护人员积极性激发不够。当前科研设施仪器使用“重物轻人”现象突出，科研设施仪器运营维护人员存在受重视程度不够、数量不足、人员结构不合理、待遇偏低、发展空间相对狭窄等问题，难以实现对仪器的高效利用。虽然各级推进开放共享实施意见均有规定科研设施仪器绩效评价奖励经费可不纳入单位绩效工资总额，但高校和科研院所等事业单位中，普遍存在对仪器运营维护人员缺乏合理完善的考核评价体系和有效的激励机制，导致运行维护人员在工作中得过且过，业务上不求上进，严重地制约着大型科研设施仪器自身使用和向社会开放使用率。