（一）没有建立全过程的预算管理体系
预算的全过程包括预算的编制、预算的执行、预算的控制及预算的监督评价。S大学目前仅建立了预算申报系统、网上报销系统，财务核算系统、银校互通系统、经费查询系统及工资申报查询、学费缴费系统。这些仅仅是在预算编制、预算执行及预算控制环节的业务系统， 还未建立预算的监督评价系统，没有形成全过程预算的管理体系。
另外，各业务系统功能单一，例如预算申报系统仅可以在系统中进行预算的填报，但是没有实现网上评审、项目预算分配等其他一系列功能；经费查询系统仅可以对预算经费执行情况进行查询，没有实现监督及分析自动化功能，在实际执行情况和预算存在偏差时，不能及时的进行分析和反馈。全面预算管理，需要利用信息化平台和数据池进行从预算编制到预算监督全过程的自动分析，及时了解预算执行情况，实施监督和跟进，并对出现的问题及时反馈并查找原因。
（二）未实现财务内部系统间的无缝对接
目前S大学的预算申报系统、财务核算系统、经费查询系统等业务系统都已上线，但是各自分离，基本停留在单一的财务功能层面上，还没有实现系统间的共通和协作效应。财务内部系统未实现互通，使得预算管理流程不顺畅，耗时耗力。 例如预算执行环节的各系统还没有对接，师生在网上报销系统填报报销单后，财务处需要在财务核算系统中手动制单，而后出纳根据凭证在银校互通网络系统上操作，实现支付资金的到账。预算分析时，需要耗费大量的时间和人力对数据进行整理，特别是按照不同标准口径进行统计时，需要对数据进行多次汇总分析，有时候系统中无法统计的数据还需要借助手工账来完成。
（三）未实现与其他部门信息系统的连接
目前财务信息系统数据独立，数据互联互通性差，与高校其他业务系统信息无法共享数据，形成“信息孤岛”的现象。财务处从其他部门获取数据的方式还是通过电话或纸质传递，由于业务人员不同，获取的数据往往不一致，并且传递速度慢，效率低下。例如预算申报时，学生人数、资产信息、教工信息等基础数据需要向各部门索取，且不同的人统计出来的数据不一致。科研发票开具时及经费入账办理时，老师需跑两个部门，在科技处办理手续后，拿着科技处开具的科研到款入账单再到财务处办理立项，数据在不同部门的业务系统中重复录入。再比如由于预算申报系统无法和人事系统对接，人事的变动无法自动在系统间进行调整。部门经办人和部门领导权限只能手动调整，且无法及时更新。