（一）学校相关部门通力合作，建立信息化建设工作小组
全面预算管理信息系统是从预算申报环节出发，经预算下达、预算执行、预算调整、决算反馈环节，形成一个闭环式循环系统。系统的建设涉及多个部门信息系统的对接，因此它是需要学校相关部门协同合作的一项大工程，建议学校成立全面预算管理信息系统工作小组，工作小组需由相关部门的人员组成，协同合作。
学校需要进一步明确预算管理信息相关归口管理部门的职责和权限,协调的工作职能。归口管理部门要承担起相关业务的审核权限，各业务部门要承担起与全面预算管理信息系统相关的建设任务，通过调研、论证等方式，各部门提出设计方案和建设步骤，对涉及本部门源数据的准确和规范性负责；信息化办公室负责业务系统的整体建设和运行维护,根据实际需求的变化不断完善系统，对各部门提出的系统建设要求协调汇总后统一规划部署。
（二）对业务流程再造并不断优化，完善财务管理制度
业务流程再造是一项长期的复杂的系统工程，它不是一个简单的过程，它具有长期性和延续性的特点，需要根据外在环境及内在需求的变化进行不断的优化改进。财务业务的办理从线下转为线上，对包括业务办理流程、审批流程、内部控制流程等等业务流程再造提出了新的目标和要求。
业务流程再造包含统一身份验证系统-信息门户、关键部门核心业务系统、数据交互、审批权限流程等几大方面。信息门户是一个交互平台，根据教工、学生等不同用户的身份定制个性化的门户服务，通过信息门户进行统一身份验证后根据设定的身份分配相应的权限，查询业务系统相关数据。关键部门核心业务系统主要包括教学管理系统、科研管理系统、学生管理系统，财务管理系统等，是建立基于核心业务的一体化管理应用平台，提供业务申请、查询、分析等功能。各个关键部门核心业务系统之间相互联系融合，数据互通，构建统一的校园基础支撑平台。各部门业务系统要将师生的反馈信息进行汇总并加以分析，经过重新梳理和论证评估后不断修正，不断的循环完善，对流程进行优化。