（一）高校后勤财务“重核算、轻管理”
高校对教学科研一直重视程度很高，在教学科研中投入了大量的人力物力，但是，高校后勤财务部门却没有得到相应的重视和支持。
首先，高校后勤部门工作人员良莠不齐，正式编制职工少，聘用制职工多。特别是国家取消“会计从业资格证”后，在后勤财务岗位上的人员缺乏财务专业素养，没有接受过任何财务培训，只能简单完成录入数据任务，仅从核算角度看问题，缺乏从管理层角度对问题进行分析。其次，高校后勤财务管理人员往往墨守成规，但求无功、只求无过。在管理上，缺乏配套的约束制度和奖惩制度，无法有效调动高校后勤财务人员工作的积极性和主动性。其三，高校后勤机构虽然为高校二级单位，但高校财务报表中，仅在“后勤保障单位净收入”此项目中填列。虽然后勤财务管理人员对后勤业务进行独立核算，但在高校决算报告中无法对其具体信息进行披露。从年底学校报表填列中，可以看出高校后勤财务工作的存在感较低。
本文笔者认为基于以上原因，导致了当前高校后勤财务管理存在着“重核算、轻管理”的问题。
（二）高校后勤财务无法反应真实财务状况
高校后勤是为高校教学科研服务的保障性部门，从这一层面看，高校后勤应该具有“公益性”。但是高校后勤社会化以来，“公益性”开始淡化，转而强调其“盈利性”。虽然高校后勤服务走向社会化，为高校带来了一定的收益，减轻了高校的负担，但是如果完全抛弃“公益性”，高校后勤就变得和校外服务企业一样，会逐步失去校内服务市场。正是拥有了“公益性”的属性，高校后勤服务才能更好的发挥其保障属性。所以，从以上分析来看，高校后勤是同时具备“公益性”和“盈利性”。
例如，学校食堂、学生住宿、物业服务、校区班车等是以“公益性”为主。反之，学校经营的超市、餐厅、招待所是以“盈利性”为主。一旦遇到特殊情况，学校后勤的一些“盈利性”服务中心也会以“公益性”为主。例如，2020年初，新冠肺炎疫情期间，学校经营的招待所不再对外经营，转而作为整个学校的隔离点，不仅无任何收入，还要支付相关工作人员薪酬。高校后勤在某种程度上承担了维护学校安全的保障职能，维护着校园乃至社会的和谐稳定。
高校后勤兼顾“公益性”和“盈利性”，导致高校后勤财务管理无法做到真正的企业化管理模式，无法真实有效的反应各方面财务状况。一是，高校后勤各实体之间存在着相互服务的行为。例如，物业管理的环卫工作也服务了其他后勤实体，但其他后勤部门并未有相关的服务支出。二是，高校后勤支出人员薪酬不完整。高校后勤人员类型多样，高校后勤部分正式工的工资由学校人事部门负责发放，还有一部分人员工资，则是先由学校人事部门代发再由后勤部门返还。虽然高校后勤返还了部分工资薪酬，但并未全额返还，相当于学校人事部门负担了部分后勤人员薪酬。三是，高校后勤固定资产支出不完整。高校后勤部门在购买固定资产时，有一部分由高校预算拨款支出，另一部分由后勤各部门承担。相当于高校固定资产无偿给后勤部门使用，未占用后勤部门支出。
（三）高校后勤财务系统中的账务处理调整过于频繁
为了积极推进后勤体制改革，提高后勤服务水平，各个高校后勤都如火如荼的进行机构调整。一方面，这种机构调整对后勤各部门来说是为了形势发展需要进行的积极尝试。另一方面，这种机构调整对高校后勤财务管理带来了影响。
现阶段，高校后勤机构调整过于频繁，财务系统中的账务处理很难具有连续性。例如，某中心拆分成立几个新中心，或者，某几个中心合并成立一个新中心，又或者，已经拆分的中心又有部分合并。不了解财务工作的后勤工作人员普遍认为财务工作和其他工作一样，可以在机构调整通知出台当月就对其财务系统中的账务处理进行调整。殊不知财务工作是具有连续性的，在后勤机构调整各部门分分合合的情况下，如何设立新账而不影响其账务系统正确性，何时设立新账而又不影响各部门资金运行，都对高校后勤财务管理带来了挑战。