首先，《动画剧作》“课程思政”建设没有形成完善、系统的思政内容体系。这应是其“课程思政”建设中存在的首要问题。而这主要集中体现在“思政教育”与《动画剧作》专业课内容生硬甚至断裂地融合上。受高校动画专业老师对课程思政建设理解不深，缺乏学习思政育人知识自觉性影响。部分动画专业老师对思政教育的定位存在一定偏差，简单地以为只要在《动画剧作》的专业课讲述过程中加入所谓红色经典元素或者传统文化，就完成了“课程思政“建设的使命。在笔者走访调研的北京多家动画专业的高校中，很多高校实际都下达了艺术课程教学中要践行课程思政内容的相关要求和指示。但因只是一个简单命令传达和要求，很多教师又缺乏这方面的知识储备，“课程思政”建设最终不可避免地沦为简单观摩和讲解几部“红色题材”动画片的剧本创作上。并且选取的多是离学生们实际生活相去甚远的作品，例如《小兵张嘎》。这就导致很大一部分学生很难对“红色经典”动画片中的思想性在剧本创作中的美学担当产生深刻的认同感。缺乏与动画专业大学生的实际结合，导致思想政治理论知识无法深入学生内心，无法在学生的动画剧本创作中发挥应有思想效应。思政教育的影响也因此很难实现内化于心、外化于行。其次，高校也未对动画专业教师提供专业思政教育培训，导致动画专业教师对高校整体立德树人育人目标和课程思政建设推进缺乏全面系统认知。同时，延续传统填鸭式的说教思政教育模式，反而会导致学生在学习过程中抵触情绪很大，使学生很难将思政理论转化为动画剧本创作的内驱力，导致思政教育和艺术实践脱轨的局面长期存在。
其次，《动画剧作》“课程思政”教学考核体系不完善。由于是新时期新背景下的新的课程命题和要求，在这之前并没有相关可供借鉴和参考的成功经验。这就导致《动画剧作》“课程思政”教学考核体系不完善，无法有效评估其思政建设的过程和效果。究其原因主要因为：一方面，长期以来，动画专业剧作课的考核评价多以学生日常和结课创作为主，且评价标准多为学生对剧本创作专业知识和技能的掌握、学生个人剧本创作能力高低为标准，对学生的作品呈现的思想价值以及学生本人的道德修养的培养缺乏应有的关注，导致动画专业课思政育人效果无法有效呈现。另一方面，此门课程学生最终成绩的评定多由专业教师进行。动画专业学生及思政教师团队等未被纳入该课程思政建设的评价主体，一定程度上影响评价的客观性和准确性，无形中导致了这其中思政育人价值无法有效考核。最后，目前并未形成以学院为单位的对此门课程思政教育效果监督的专业教学督导团队。这使得课程思政建设的进程无法精准把握，发展中存在的问题也无法及时修正，教学效果更是难以提升。