1研究生交叉创新能力培养不足
为深化工程教育改革，推进工程教育创新，2017年，教育部高等教育司在其下发的《关于开展新工科研究与实践的通知》中对研究内容和组织安排进行了部署，全面启动“新工科”建设和发展。对于土木工程专业，“新工科”人才培养的核心是学科交叉创新能力的培养。各高校在对土木工程专业研究生培养上应该积极求新，积极求变，但部分教师团队固守传统学科研究，对专业研究前沿动态把握不足，不愿学习新兴理论与技术，以及研究目光广度不足，只愿将目光聚集于行业内部，不去积极了解新型行业，积极将土木工程与新型行业建立联系，缺乏交叉学科研究的意识。这就导致部分研究生创新精神匮乏，创新意识薄弱，学习动机缺乏，且欠缺独立观察、质疑问难、捍卫真理的精神，无法适应如此重视交叉学科的研究背景和亟需复合型专业人才的行业环境。
2研究生思政教育不足
近些年，研究生群体因心理问题或者与导师发生不必要的矛盾而引发的事故显著增多。
王文文等人针对研究生导学关系现状做过问卷调查研究，结果显示在3932名硕士研究生中认为与导师关系融洽的硕士研究生占比59.69%，认为与导师关系平淡的硕士研究生占比36.29%，认为与导师关系紧张的硕士研究生占比3.46%，认为与导师关系敌对的硕士研究生占比0.56%。为改善此种不健康的导学关系现状，加强针对研究生的心理健康教育与思想政治教育的任务日渐紧迫。其中专业学位研究生相比较于学术学位研究生，其留校时间更短，外出实践时间更长，思想多元化趋势也更为明显。专业学位研究生的思政工作教育存在学生的角色定位及困惑、导师认知的误区和责任的缺位、思想政治教育工作力量不足、思想教育融合性不够，载体欠缺、方法老化等难点。但目前部分高校仍然存在着“重学术，轻思想”的认知偏差，针对于研究生思政教育的课程较少，并且受不到教师与研究生的重视。所以，高校与研究生导师应加强对研究生思想的了解与引导，尤其在建设实践基地时应考虑到该方面的需求。
3专业学位研究生实践机会不足
基于专业学位研究生的培养目标，相关实践经历对于研究生的培养是至关重要的。而土木工程专业学位研究生阶段的专业实践与本科阶段的专业实践有较大不同，相比较而言，其时间更长，指向性更强，深度更深，目的不再是本科阶段的认知、体验和技能训练，而是培养解决实际工程问题的能力。所以高校如何为广大的专业学位研究生提供具有较高针对性的实践机会也是日渐突出的问题。目前高校中专业学位研究生获得专业实践机会的主要渠道有: ①学生跟校内导师一起做企业项目；②校内导师推荐学生到企业完成实践; ③学生通过家庭关系进入企业；④由院系安排到实践基地。对于家庭成员没有从事土木工程相关专业的研究生，其所能获得的实践机会主要还是依赖于导师的合作项目及横向课题，这就要求导师在相关领域有较强的人脉关系。但部分导师与相关企业交流较少，无法为学生提供相关的专业实践机会。所以高校应积极促进与相关企业的合作关系，努力为学生提供更充足的专业实践机会。