（一）信息缺乏共享，资源利用率低
会计师事务所每接洽一个业务，都要把所有必要的审计程序进行一遍，这其中可能存在信息的隐瞒和重复搜集。如果能够将信息共享，提高资源利用率，就可以在一定程度上减少审计过程中重复进行的操作，节约审计资源，降低审计风险。例如两家存在往来应收账款的企业A和企业B，在同一时段都需要对报表进行审计，它们各自委托一家会计师事务所，A委托的事务所函证了A、B之间的应收付账款，确认无误之后，B委托的事务所还需要再重新执行一遍，这就是信息没有共享导致的重复，造成了资源浪费。
（二）由函证程序导致的审计失败占比较大
在审计失败的案例中，函证程序出错所占比重较大。其中有一部分是程序缺失或未有效执行程序，有一部分是审计人员未对函证程序有效控制，还有一部分是未实施有效替代程序。这不仅反映部分审计人员未能严格按照审计准则执行审计程序，也反映出审计人员直接获取被函证单位的相关信息及联系方式存在一定障碍，被函证单位不积极配合审计人员执行函证程序等。
（三）信息流动速度慢，审计程序耗时长
被函证单位回函不及时或不回函，都会对审计人员的审计工作造成影响。对于不回函的被函证单位，审计人员需要寻找可替代程序并执行，增加了审计工作量，延长了审计周期，加大了审计风险和违约风险。
（四）审计相关法律法规不健全
被函证单位对审计人员的审计工作不承担配合的义务，增加了审计人员的工作难度。一旦因此出现审计风险导致审计失败，会计师事务所需要承担相应的责任，而被函证单位却不需要承担任何责任。