高校科研经费预算的研究或讨论并不是一个十分新颖的问题，但却是一个十分重要的高校财政问题。早在旧的高校会计制度颁布之后，就有人提出高校财务预算应该把握宏观和微观两条线，宏观上高校应该建立预算编制、执行、监督相分离的职能体系和专门的预算审查监督机制，微观上高校应实施内部二级预算管理，通过建立健全业务培训与业务考评制度、预算执行情况上报制度、内部预算追加审核制度以及奖惩制度，只有这样才能促进高校有限资源的优化配置，提高教育资金的使用效益。事实上，针对高校科研经费的预算，我们更应该在新会计制度的导引下弄清楚科研经费预算的主要目的，以及建立科学的、合理的预算模式，遵循一定的预算规则，这恰恰是我们真正优化高校资源配置的关注点。
1、新思路
高校科研经费预算的重要性是随着高校重视科研工作逐步推进的，因为是专用基金的预算，会计预算在一定程度上重视程度不够，财务部门通常认为这些工作一半职责应该归属科研部门，财务部门的理由通常是会计员并不知晓科研人员应该使用哪些经费或需要使用哪些经费，这显然也有一定的分摊责任的诉求。正由此，高校科研经费的预算通常是由科研部门把关预算种类及组织科研负责人填报预算表，交给会计员统计预算内容入系统，会计预算工作显然存在很大缺位。在新会计制度下，会计预算作为会计工作的核心显然是值得我们注意的。会计员如何处理好科研经费的预算工作，这首先要求会计部门制定新的思路，所谓思路即是与理念切合的路径。
新会计制度颁布不久，有学者即提出高校会计预算的理念要体现大局观、成本效益观、风险控制观、业务一体化观及决策分析观，进而要求重新建立高校财务管理工作体制。这样的理念是我们讨论科研预算工作思路的起点，科研预算工作本身就是高校教学科研两条线的问题之一。我们要做好科研经费的预算，主体上要把握经费使用规范化与科研研究效益性的契合，这将是我们科研预算工作的重点。会计部门首先应该设置专门的预算科室，科研预算应该由专门的预算会计负责。由于会计员通常并非了解科研项目研究的物质需要，这还要求会计部门与科研部门、审计部门一起制定科研预算诸门类经费的使用办法，不仅要细化使用内容，还要给出使用限额。同时，还要规避会计预算表混乱填写的问题。过去会计预算表的填写主要由项目负责人一人完成，科研部门初步审核经费总金额及门类限额内容，就交由财务会计员，会计员通常不会拒收科研部门加盖公章的预算表格，以至于预算内容并不能体现科研工作需要，套用专项基金及反复修改预算的事件频繁发生，从而加重了财务工作量及风险丛生。那么，科研预算的下一步是要预算填表实行粗填报，会计员和科研人员细审核，签章后交由部门领导审核签章后完成。预算工作还要加入财务核算科室的信息反馈内容，一方面要分析、预测科研经费的使用效果，另一方面还要在预算之后进行监控和修正。就科研经费管理而言，过去颇具风险的阶段主要发生在报账审核阶段，假发票报账是高发问题。所谓以绩效考核制度规避风险，至少在财务部门内部有失轻重，因为预算会计的工作并非退居幕后不应该承担责任，尤其在高校公务卡制度不断推进的今天，科研经费预算显然更应该承担一定的责任。科研经费预算工作的另一延伸内容即是科研部门应该协同相关部门成立经费使用监督委员会，同时制定行之有效的绩效考核制度。