虽然勤工助学岗位设置的要求随着高校教育政策的完善不断被具体化的同时,具有高校的特色，但是目前仍存在较大的问题。
一是高校对勤工助学活动的认识深度不到位。部分高校认为勤工助学的主要作用在于帮助家庭经济困难学生解决生活问题，而忽略了在扶贫攻坚战得到巨大成就的新时代背景下，勤工助学活动的意义不应只局限在经济上的帮扶，更多的是实现育人成效，帮助困难学生提高综合素质。
二是岗位设置不科学，岗位死板，类型单一。经调研大部分高校勤工助学设置主要以助理工作为主，简单的卫生、传送文件等工作占比较高，岗位设置的单一无法为学生在能力提升上提供保障。在保证岗位设置量充足的前提下实现具有特色、生动并能为学生提供锻炼平台的岗位设置面临较大挑战。
三是岗位管理体系不完整，责任落实不到位。一个相对完整的勤工助学体系应由专门的管理部门、负责人、用人单位负责人、岗位指导教师和学生组成，而通过调研了解到大部分高校虽然制定了相应的部门及负责人，但是因责任落实不具体导致岗位指导教师作用发挥不到位，导致对上岗学生的工作完成情况进行监督和指导欠缺。