在新工科视域下，以培养医学信息工程专业应用型人才为基本原则， 设计了 “三个平台”的教学科研模式，一是以课堂教学作为理论教学的主要平台，对教学方式进行改革，通过线上线下的混合式教学方式，培养学生的独立思考能力；二是以实验室为平台进行实践教学和一些科研活动，有课题的老师带领学生一起参加科研活动，活动过程中采用导师负责制，初步培养学生的科研创新能力；三是以提高应用能力为主的实践活动，鼓励学生参加各种课外的比赛，以提高学习和实践的能力、通过去医院实习和企业实习等活动，以提高学生的逻辑思维和计算思维能力，提高学生的社会实践水平。
在教学过程中，对教学方式进行改革，丰富教学内容，教学形式的多样化。在教学之外，随时跟踪了解国际国内医学信息行业发展的动态和热点、难点问题，撰写新教材，做到教学内容充分和社会需求接轨，构建真正与需求结合的知识体系。老师上专业课时充分利用研讨班、慕课、医院实习和企业实践等手段丰富教学形式，激发学习兴趣。
根据培养方案要求，突出了对大数据、人工智能课程和实践教学环节重视的力度，强化了实践教学体系，以适应当前社会对医学信息工程专业人才知识结构需求的特点。为了进一步优化培养方案，与企业深度合作，邀请企业对已制定的培养方案给出反馈意见，根据反馈意见做出相应的调整搭建以提高创新精神和实践创新能力为主体的医学信息工程实践教学平台，该平台分成两个模：实验室平台教学和社会实践平台教学，并在此基础上建立完整的医学信息工程教学体系。