虽然“强基计划”在解决诸多问题上有所突破，但在制度实施、调整的过程中仍存在例如制度设计不完善可能影响人才选拔质量，分省分专业计划过于严格可能会影响拔尖创新人才选拔效率的风险。因此，为了更好地落实政府的政策，更好地培养出拔尖创新人才，高校在制定“强基计划”实施方案时可从以下几个方面入手：
（一）制定多元化录取方案，改革考试评价体系
“强基计划”在“一校一策”的基础上探索“一生一策”。首批参与“强基计划”的36所高校虽然均为我国“双一流”建设高校，但其综合实力、专业优势都不尽相同，不同层次类型高校的招生方案也应体现自身办学特色，探索多元化的录取方案。在招生方面，细化招生章程的内容，完善高校招生办法，为不同层次的考生制定个性化的录取方案，在“一校一策”的基础上探索“一生一策”，同时尽可能放宽入围校测的招录比，使更多考生有机会接受综合评价考核。在选拔方面，以考生报考专业的学科素养为考察重点，同时兼顾发展考生的相关能力，进一步完善综合评价多元录取制度，同时建立科学的选拔与淘汰机制，通过多次考核与遴选的方式选拔最优秀的学生进入到相对应的专业进行培养。在培养方面，探索以因材施教为核心的个性化人才培养模式，保证一流的软硬件资源供给，并通过借助导师制指导、小班化教学、多学科交叉、探究性学习、团队化合作等多种方式挖掘学生潜能，鼓励创新。[11]在评价方面，完善综合素质评价的内涵和标准，全面精确考量个体综合素质发展的特征，注重发掘多因素影响下学生的多元品质，对综合素质评价档案的使用要加强监督和管理，避免“暗箱操作”，优化招生录取环境，科学选才。
此外，高校还需进一步细化招生计划的具体规定，深入解读政策推进“强基计划”的实施，在制定本校招生章程时可在其权力范围内制定相应的惩戒措施，并严格执行，减少考生之间的不公平行为，从而保证多元录取的顺利实施。
（二）强化衔接教育，贯通人才培养模式
进一步完善高校培养方案，提高育人质量，为创新人才发展创造有益的生态环境。招生与培养相结合、基础学科学习与专业学习相衔接，充分发挥学科交叉的优势，推动专业教育与通识教育的深度融合，例如清华大学于2020年5月成立了致理、未央、探微、行健、日新5个按实体机构运行的书院，以推动建立通识教育为基础且与专业教育相融合的本科教育体系，作为强基计划人才培养单位。同期，北京大学也建立了博雅学堂，探索多维考核评价模式。[13]随后中国人民大学也成立了明德、明理书院，探索学科交叉领域下现代科学的生长点和突破口，突破对跨学科人才培养的限制，提升基础学科拔尖人才的竞争力。
贯通以本研衔接为核心的人才培养模式，本科毕业学生符合免试读研要求的，可优先推荐其进入到硕博阶段学习，打通本科阶段与研究生阶段的课程，进行课程重组与整合以加强课程的衔接性，同时探索具有前瞻性和特色型课程，激发学生自主探究。充分发挥学分制的优势，在保证结构完整性和合理性基础上，整合课程内容，压缩学分，增加学生的学习路径，突破以年级为限的学习进程。深化科教协同育人，通过国家重点实验室、前沿科学中心、集成攻关平台等联合发掘学生的学科兴趣，共同培养拔尖人才，促使其从学科兴趣出发、从问题出发，做到知行合一。坚持“引起来”和“走出去”相结合，聘请国内外知名学者赴校开展学术讲座、短期授课、学术研讨等多重形式交流活动；选派优秀学生与国外一流高校或科研中心进行学习交流；积极与世界一流大学及顶尖科研院所建立学分互认、科研实习、师资选聘等多层次合作关系，致力于培养具有深厚基础科学知识、熟练实践技能、开阔国际视野的拔尖创新人才。同时可建立针对“强基计划”在校生、毕业生的质量监控机制、跟踪反馈机制和人才成长数据库，实施跟踪评价，根据反馈的数据信息结果，持续改进人才培养方案，以保证项目的精英化。