当前大学的行政管理者更多关注学校各项指标评价和社会声誉等显性因素，更加注重成果产出的效率，使学术竞争日益激烈，管理者和学术人员之间也不断对立，这些因素都不断削弱学术共同体，使大学“学术共同体”开展遇到诸多困境。
(一)身份等级文化的制约
在中国，自古以来教师是“师者,传道、授业﹑解惑也”，源远流长的儒家文化更是把尊师重道提高到“师傅”等于“师父”的高度，教师借助专业知识的权威，把自己言行提升为真理。在这种文化的影响下，大学教学理念更多是填鸭式的满堂灌，学术交流更多是服从和跟随。学术权威成为老板，普通研究人员成为员工，形成权力控制和被控制为核心的现代企业类关系，这种关系关系最明显的特点就是服从、听话，提高组织效率的同时导致成员产生依赖,主体精神和自主研究严重削弱。
（二）学术共同愿景的缺失
共同愿景是学术共同体成员合作的纽带，只有共同愿景才能使合作者在合作中相互理解、相互交流、相互扶持、共享资源，从而具有强烈归属感和认同感。学术共同体总是围绕着共享的学术目标和任务而开展行动，然后现实中学术共同体中的学者经常处于各种任务的支配之下，需要完成教学任务、科研任务、政治学习，工作会议、论文发表、职称评定等，这些活动占据了教师主要精力，使他们注意力无法完全集中于学术研究。而这些事情对于学术共同体内的学生却不是必要的事项，和学生的学业、奖学金、社团活动、职业规划却毫不相干，这些主要矛盾导致学术共同体在运行时会导致学术共同体共同愿景构建的困难。
（三）学术共同体和行政管理割裂
高校行政权力和学术权力常常存在冲突，由于大学均采用公共财政预算，想要摆脱官本位治理模式的道路必然无法实现，行政权力对学术权力的支配在一定范围内仍然存在。学校层面具有的权力仍占绝对性地位，院系层面自治的意愿不够强烈，且部分院系的自治管理能力还有很大的提升空间。在部分人才培养的基层学术组织中，教研室、系所等传统基层组织名存实亡，参与博士人才培养的具体过程越来越少，更多成为环节设计或者考核者。各种新形式的学科基础创新平台和跨专业联合实验室展现出极大的吸引力和学术活力。这些基层学术组织往往是跨越行政界限形成的学术共同体，具备灵活度的同时其与行政管理割裂的特点也非常明显，不具备学科中心为基础的学术共同体不容易聚焦学科底层问题，产出不连续不系统成为其重要缺陷。