当一般纳税人企业本期的增值税销项税额低于增值税进项税额时，其差额为纳税人本期进项留抵税额，可以留存在账上，纳税人可在下一期用于销项税额的抵扣。留抵税额退还是指纳税人已经缴纳符合规定可以用于抵扣销项税额的增值税进项税额，未抵扣完而持续累积形成不能及时进行抵扣的税款，对于这些企业现在不能进行抵扣，只能等待下期抵扣的增值税留抵税额进行退还。
1 增值税留抵税额经济实质
销项税额与进项税额之间的差额为本期应缴纳增值税，当进项税额比销项税额高时产生留抵。留抵税额的产生可以分为以下几种类型：第一，当企业打折促销来进行销售时，会使商品的进货成本高于商品的销售利润。第二，企业于当期购入大量的半成品或者原材料，这一情况会使企业进项税额数额较大。第三，最终成品对应的增值税税率低于用以形成商品的原材料或者初级成品适用税率。通过以上三种情况分析，可以得知增值税留抵税额是企业在生产经营活动中所产生的进项税额结余，其结余可以抵扣将来的销项税额。由此可见，增值税留抵税额的经济实质基本以预先提交的增值税留存在账上来表述。那么留抵退税本质上可以理解为对已缴纳进项税额落实退还措施。
2 退还期末留抵税额遵循原则
遵循国家宏观政策方向。在财税[2018]70号文件中表示，在确定可以进行退还留抵税额的纳税人时，需要考虑不同的企业规模和类型，并及时提交纳税人名单和退款金额。当计算可以退还的增值税留抵税额，还应从国家财政能力方面着手思考，与此同时跟随着国家宏观政策开展工作。
实行留抵税额退还，有效推动中性原则的稳定发展。各个国家进行税制设计时受到税收中性原则的影响，设计税种会考虑税收中性原则。增值税本质上为流转税，即企业可以通过定价销售的方式逐步转移税负，最终由消费者承担税负，而无需在企业层面进行调整。不以扭曲经济的形式，实现增值税中性原则。但我国长期以来都是将超额进项税额结转至下期进行抵扣，实质上可以看作政府占用企业资金，企业当期现金流减少，融资成本增加，同时也会致使企业投资能力下降，不符合增值税中性原则。