物流企业在合同管理的过程中，依然存在许多问题，对全流程合同管理过程产生了一定的影响，导致各个组织部门的效率低，其主要问题如下：
（一）缺乏对全流程合同管理信息化平台的建设
企业传统的合同管理过程采用传统手工或者Excel表格通过对合同的数据进行收集、加工、处理的方式来管理合同，不仅容易在数据录入过程中出现纰漏，并且在产生合同纠纷时，由于合同数量庞大难以找到合同备份，给企业带来不必要的损失；在此过程中各个部门所上传的数据不统一，上传时间也不连续，随着时间的推移失去了本身的作用与价值，造成了一定的信息资源损失；其次，传统的合同管理模式依靠业务人员使用手工、Excel以及Word来管理合同进度，其控制周期长，很难对合同进行及时的管控,极易在此过程中出现问题，影响合同管理的全过程；合同管理是合同洽谈、草拟、签订、履行、变更、中止、终止或解除全过程的管理，合同产生在合同管理的前期，而现阶段，人们往往只重视合同签订，一旦签订完合同往往就将其束之高阁，企业忽视了合同履行过程，致使众多的合同纠纷发生在合同管理的中后期，并且合同管理过程中各个环节较为分散，难以实现统一的管理。因此，物流企业需要在合同管理过程中建立一个合同管理平台来提高物流企业的信息化程度，从而提升其合同管理整体的效率。
（二）缺乏专业化的合同模板
在现如今的合同管理模式下，常出现合同文字不严谨的现象，从而在履行过程中引起歧义和误解，企业间的做法会出现差异，合同履行过程中顾客与企业间的活动不能很好的衔接起来，最终导致合同纠纷的出现；其次，据以往的物流企业合同纠纷来看，在合同的草拟过程中，存在只有从合同而没有主合同的现象，从合同是以主合同的存在为前提而成立的合同，没有主合同的从合同是没有根据的合同；三是物流企业在草拟合同时，物流企业往往没有专业人员去专门负责合同的管理过程，拟订合同人员法律意识较为淡薄，无法针对项目而进行个性化定制，常常盲目的套用合同模板，容易产生误差风险，进而影响企业后期的运营工作，因此物流企业亟需一套专业化的合同模板。