（一）课程思政教师的思政意识及知识储备缺乏
以往研究表明，教师对课程思政的重视程度不够、自身思政知识储备不足。陈卓国认为部分课程教师在对待课程思政时参与课程思政建设的愿望并不强烈，仅仅把其当作获取课题和经费的一种手段，并未把提升大学生的思想道德、政治素养作为目标和宗旨，导致其所进行的课程改革流于表面。刘清生强调高校教师在开展课程思政时，存在着认知的偏差、责任的缺失和机制的偏颇等问题，部分教师理想信念的缺失、自我信仰的缺乏、政治素养的不足。高燕指出教师对课程思政的辐射带动作用有待提高，教师对课程思政的教学设计不够完备，有些教师在讲授专业课程时，经常忽略对学生的价值选择、判断、价值塑造的培养。这都表明高校教师没有能够从思想上深刻意识到专业课程中融入思政元素对青年学生价值观塑造、引领的意义所在，没能充分认识到为党育人、为国育才的灵魂所在，同时，部分教师不能充分能做到打铁还需自身硬，缺少对思政知识积累和思政素材挖掘的主动性，导致课程思政教师的思政意识及知识储备缺乏的现象产生。
（二）课程体系协作育人有待完善
由于专业课程有其内在结构、逻辑和内容，一门课程不可能涵盖所有的思政元素，也无法把所有的育人目标强加堆砌到一门课程中去。这就要求在开展“课程思政”教学过程中要有系统协作的思想，将不同的思政元素分散到课程体系中的不同的课程中，分工协作，既不影响专业知识体系的完整性，又能更好地实现育人目标。而现实专业课程教学中，教师轻视对人才培养方案、开课说明、教学计划和教学大纲的研读，不能从整体上把握各门课程之间的内在联系，进而会使教师在课程思政过程中常常出现思政元素融入的单一化、片面化、零碎化，仅从自身所授课程的教材中苦苦思索、挖掘思政元素，缺少各学科整体育人的观念，不能实现课程体系协作育人的目标。
（三）课程思政资源开发和利用不足
已有研究表明，当前各高校对“课程思政”内涵的认知局限和挖掘思政元素能力参差不齐，在开展“课程思政”过程中建立真正优质的课程思政资源和充分利用课程思政资源不足。其原因主要有三个方面，第一是对思政资源内容认识不充分，首先表现为重理论内容轻现实内容，在教学中将目光聚焦教材、教辅，缺少对生活中思政素材的挖掘；其次是看重常规内容、忽略特色内容，在教学中倾向使用公认的思政内容，对地域特色、民族特色的思政素材挖掘不充分；最后是部分高校对现代化信息技术运用较少、参加线下系统性思政培训机会有限，导致教师对课程思政的理解碎片化，不能真正的理解课程思政的内涵、不知如何提取课程思政资源，找不到教材以外的思政元素。第二是各高校间、高校内部思政资源的共享不充分，缺少对课程思政共享资源库的建设，导致很多资源处于搁置、利用率不高或重复建设的状态中。第三是对思政资源的开发者认识不全面，认为思政资源的利用和开发仅仅是教师的工作，没有意识到学生、家长、社区、行政部门应共同参与到课程思政资源建设中来，以上三个方面的内容都说明了当前课程思政资源开发和利用不足。