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曾用刊名：中国实验动物学杂志
《中国比较医学杂志》原名《中国实验动物学杂志》（1991.3～2002年），创刊于1991年3月，2003 年易名为现刊名，是中国实验动物学会主办的全国性学术刊物，以理论与实践、普及与提高相结合为宗旨。 《中国比较医学杂志》为广大生物医学、药学、生命科学研究的科学家提供从理论到应用、从基础到前沿进行学术交流的科学园地,为传统学科、现代科学相互交融,为国内外科学家进行学术交流开辟新的航道,它是科学家施展才华的大舞台。 栏目设置：设有研究报告、综述与专论、研究快报、研究简讯、技术与方法、经验交流、学术动态、国外研究进展、学术信息、简讯等栏目。
数据库收录及获奖情况：
1999年，获中国学术期刊（光盘版）编辑委员会及中国科学文献计量评价研究中心颁发的国家级火炬计划项目中国科学引文数据库来源期刊证书、国家级火炬计划项目中国学术期刊综合评价数据库来源期刊证书、国家级火炬计划项目国家重点新产品《中国期刊网》《中国学术期刊（光盘版）》全文收录证书。
2000年，获中国学术期刊（光盘版）编辑委员会中国科学文献计量评价研究中心颁发的中国知识基础设施工程（CNKI）中国学术期刊综合评价数据库（CAJCED）统计刊源证书。
2004年，被中国生物学文献数据中心的《中国生物学文摘》和中国生物学文献数据库收录。
2004年，被中国科技信息所万方数据股份有限公司《中国核心期刊（遴选）数据库》收录。
2004年，被国家科技部《中国科技论文统计源期刊》（中国科技核心期刊）收录。
2005年，被解放军医学图书馆研制开发的《中文生物医学期刊文献数据库-CMCC》及《中国生物医学期刊引文数据库-CMCI》收录。
2009年，被西太平洋地区医学索引（WPRIM）收录。
2010年，被美国化学文摘社期刊收录。
2014年，被《中文核心期刊要目总览》收录。