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一、创办
《中国微生态学杂志》的创办是1988年12月在北戴河召开的中华预防医学会微生态学学会第一届第一次常务委员会上决定的。会后由微生态学学会申报中华预防医学会，再经中华预防医学会批准[中华预防医学会（89）预会编字第4号文]，报请当时卫生部政策法规司，并经该司于1989年3月1日批复[卫政编字（89）第5号文]同意《中国微生态学杂志》先作为“非正式期刊”，向当地有关部门办理准印手续。根据上级批复，微生态学学会又向辽宁省新闻出版局申请办理内部报刊准印证，并于1989年4月24日获准，文号为卫生政编（89）5号文，批准出版。《中国微生态学杂志》是全国唯一的报道有关微生态学方面内容的自然科技期刊，国内外公开发行。1989年9月30日以第四届全国微生态学学术讨论会专辑形式出版了第1卷第1期，并在首页刊发了创刊词，当期共发表各类文章72篇。
二、办刊宗旨
坚持预防为主的卫生健康工作方针，坚持理论与实践、科研与开发相结合；加强医学、兽医学、生物学的微生态学学术交流，促进学科发展；介绍微生态学科研成果与防治经验，为保障人民健康，发展农业及牧畜业生产提供科学参考。
三、发展
《中国微生态学杂志》创刊于1989年9月，先作为“非正式期刊”，申请办理了内部报刊准印证。1989年出版了2期。1990年到1993年为季刊。自1994年获正式报刊出版许可证，改为双月刊。2009年起发行月刊。系中华预防医学会优秀期刊。
四、被收录国内数据库情况
为中国科技论文统计源期刊，中国科学引文数据库（CSCD）源期刊，中国学术期刊综合评价数据库来源期刊，中国生物医学文献数据库收录期刊，美国《化学文摘》（CA）录入源期刊，俄罗斯《文摘杂志》（AJ of VINITI）录入源期刊，美国《剑桥科学文摘：自然科学》（CSA：NS）录入源期刊，美国《乌立希期刊指南》录入源期刊，英国《国际农业与生物科学研究中心》（CABI）录入源期刊，英国《公共健康》（Global Health）录入源期刊，波兰《哥白尼索引》（IC）录入源期刊，并被中国期刊网、中国学术期刊（光盘版）全文收录。
《中国微生态学杂志》的出版在国内外引起极大的反响，在人医、兽医、农业及生态环境等各方面均已发表了许多重要的论文，对我国微生态学的发展起到了重要的导向作用，促进了我国社会主义建设。
微生态学是继分子生物学、遗传工程学、信息论、控制论等新学科之后的又一具有光辉前景的新学科。随着科学的发展与进步，《中国微生态学杂志》将继续本着办刊宗旨，为社会的进步，环境的改善，人类的健康做出应有的贡献。