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曾用刊名：新疆农业科学通报;新疆农业科学简报;新疆农业科技
《新疆农业科学》创刊于1958年，是由新疆农科院主管，新疆农科院、新疆农业大学、新疆农学会主办的综合性农业学术期刊。创刊53年来，不断发展壮大，在新疆农业领域和国内相关领域具有很高的知名度，拥有国内外大量读者和一支高素质稳定的作者队伍及编审队伍。近年来，随着西部大开发和国家对“三农”问题的重视，随着农业科技新成果的日益增多，随着农业科技人员对农业科技信息交流需要的倍增，作为新疆农业最具代表性和影响力的《新疆农业科学》适应农业发展的需要，不断寻求办刊新思路，积极拓展办刊空间，提高办刊水平，为探索传统农业向现代农业转变，传播、应用和推广农业科研新成果、新品种、新技术，在推动新疆农业发展的进程中做出了突出的贡献，作为新疆地方和兵团具有权威性农业学术刊物，受到自治区农业科技人员、管理人员和广大读者的广泛赞誉。
《新疆农业科学》是中国科技核心期刊、中文核心期刊、中国农业核心期刊、RCCSE中国核心学术期刊“四核期刊”。2010年主持项目荣获新疆科技进步奖三等奖。1991、1993、1999、2003、2005、2007和2010年刊物7次荣获新疆科技期刊质量评比一等奖；第二届全国优秀科技期刊三等奖；1999、2004、2005、2008、2010年荣获首届、第三届、第四届、第五届、第六届新疆期刊奖；2008～2010年连续获得新疆科协科技期刊资助项目；2003获得首批清华大学《CAJ-CD规范》执行优秀期刊；百余次荣获行业管理部门、协会及学会集体和个人奖。2011年9月刊物在新疆农业自然科学期刊中率先实现了CNKI优先数字出版，面向全球4000万用户即时传播发行。2011年6月在第二届中国核心学术期刊评选中，入选中国学术核心期刊（A），农业类43种全国核心期刊中排第31位，位于国内省级农业科学类刊物之首。
本刊被美国《化学文摘》（CA）、俄罗斯《文摘杂志》、英联邦农业与生物文摘数据库（CABI）、美国《剑桥科学文摘：自然科学》（CSA：Nat.Sci.）、英国《动物学记录》（ZR）、我国CSCD、CJCR、CAS-OAJ等国内外45家知名数据库、开放存取平台及检索刊物收录。
2009年由编辑部主持的科技期刊研究项目获得自治区科技成果（2009新科鉴字第0016号），鉴定结果为该项目涉及多学科，工作难度很大，规模与工作量很大，技术很成熟，应用价值很大，属国内先进水平，产生经济、社会效益大。
2010年《新疆农业科学》编辑部主持项目“新疆科技期刊创新办刊模式、运行机制及评价指标体系”荣获2010年度新疆科技进步奖三等奖。