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《临床神经外科杂志》创办于1999年10月，由南京医科大学附属脑科医院主办，江苏省卫生健康委员会主管，国家科学技术部和国家新闻出版总署批准，于2004年起获国内外公开发行，并定名为《临床神经外科杂志》，双月刊。标准刊号ISSN 1672-7770，CN 32-1727/R。
  《临床神经外科杂志》2020年入选“中国高质量科技期刊”（神经病学领域T3级），连续入选“中国科技核心期刊”（中国科技论文统计源期刊）。杂志被评为第七届“华东地区优秀期刊”，先后荣获江苏省“十佳期刊传播奖”、江苏省期刊“明珠奖·优秀栏目”、华东地区期刊“优秀栏目”奖；获得国家OSID计划媒体融合专项基金。杂志被中国科学引文索引数据库(CSCI)、中国期刊全文数据库(光盘版)、中国科技期刊数据库、美国化学文摘（CA）、《史蒂芬斯数据库》（EBSCOhost）、JST日本科学技术振兴机构数据库(日)等收录。
  本刊系国家级神经外科学专业性学术期刊。 杂志编委会集中了国内各大医院神经外科学术界带头人及其精英，大多数学者年富力强，有丰富的医疗、教学、科研经验。
  总编：常义(1943—2013)教授，原南京脑科医院神经外科主任，主任医师、中华神经外科学会立体定向与功能神经外科专业学组委员会副主任委员、中国癫痫外科协会副理事长。
  第一届编委会：总顾问王忠诚教授，史玉泉教授、段国生教授，副总编刘宏毅主任等，编委84人，高肇昌主任医师任编辑部主任。1999年来稿218篇，用稿96篇，稿件录用率44%；2000年来稿187篇，用稿82篇，稿件录用率43%。
  2004年起国家科学技术部和国家新闻出版总署批准获国内外公开发行，并定名为《临床神经外科杂志》，标准刊号ISSN 1672-7770，CN 32-1727/R。
  2006年4月《临床神经外科杂志》进入中国科技论文统计源期刊(中国科技核心期刊)，被中国期刊全文数据库(光盘版)以及中国科技期刊数据库收录。第二届编委会：总编辑常义，副总编辑刘宏毅等8人，编委145人，编辑部主任高肇昌。本年度来稿158篇，刊出稿件87篇，稿件录用率55.06%。
  2007年章文斌任编辑部主任。来稿160篇，刊出稿件83篇，稿件录用率52%。
  2008年每期杂志由原来的48页增加到56页，来稿200多篇，刊出稿件124篇，稿件录用率52%。
  2009年每期杂志固定开辟“科室介绍”栏目，轮流介绍国内各大知名医院神经外科发展情况及学科带头人简介，为全国各大医院神经外科构建展示和交流的平台。年度来稿184篇，刊出99篇，稿件录用率53.8%。
  2010年网上远程投稿系统正式启用，网站里包括杂志介绍、杂志内容检索、投稿须知、杂志新动态及公告等，还开通了投稿查询，专家在线审稿，拉近了编辑部与读者、作者、审稿专家的距离，大大缩短了审稿周期。年度来稿显著增加达到305篇，刊出稿件161篇，稿件录用率52.8%。
  2011年杂志由季刊变更为双月刊，每期杂志开辟“专题”论著，每期以神经外科研究的某一方向为中心组稿，汇集各家意见为一个栏目，可以更全面的报道国内该领域的临床、科研情况，深受各界好评。来稿300多篇左右，刊出稿件163篇，稿件录用率49.4%。影响因子0.535 (学科排名11/35)。
  2012年来稿334篇，刊出稿件169篇，稿件录用率45.2%。
  2013年初进行第三届编委改选，本刊第10卷第2期刊登了新一届编委名单：名誉主编周良辅、周定标，主编刘宏毅，编辑部主任章文斌，编委分布各省市、自治区、直辖市主要医科大学、医学院附属医院现任神经外科主任、部分省级医院现任神经外科主任，在专业领域有较高知名度部分专家、部分去年新增特约编委中审稿质量高的专家。部分专家已退休或不能达到第三届编委会任职资格，退出或转为顾问。来稿350多篇左右，刊出稿件166篇，稿件录用率47.4%。影响因子0.415，神经精神类杂志中排名18/30。
  2014年杂志由原先64页增加至80页，并被美国化学文摘（CA）正式收录。
  2015年杂志被史蒂芬斯数据库（EBSCOhost）全文收录。
  2018年杂志被JST日本科学技术振兴机构数据库(日)收录。
  2019年杂志由80页增加至92页，同年杂志被中国科学引文索引数据库(CSCI)收录。
  2020年杂志入选“中国高质量科技期刊”（神经病学领域T3级），杂志由先92页增加至120页。
2021年杂志以“优秀封面设计”入选中国期刊协会开展的“首届‘方正电子’杯中国期刊设计艺术周。同年杂志被评为第七届“华东地区优秀期刊”。
  现任主编：刘宏毅，南京医科大学附属脑科医院院长、党委副书记，南京医科大学第四临床医学院副院长、主任医师、教授、博士生导师，江苏省中青年突出贡献专家。现任南京医科大学脑科学研究院院长、南京医科大学脑功能影像研究所所长、《临床神经外科杂志》主编、江苏省医学会神经外科专业委员会主任委员、江苏省医师协会神经外科分会候任主任委员、中国医师协会神经外科专委会微侵袭专业学组副组长、中国抗癫痫协会神经调控专业委员会副主任委员、江苏省卒中学会重症脑血管病专业委员会副主任委员、江苏省神经科学学会神经肿瘤与神经损伤专业委员会副主任委员、中国医师协会神经外科专委会脑胶质瘤专业委员会分子诊疗专业学组副组长。擅长听神经瘤、颅咽管瘤、三叉神经鞘瘤等颅底肿瘤的诊断及显微手术治疗。综合研究并应用脑磁图、功能磁共振及神经导航技术在涉及脑功能区肿瘤的微创手术，使得脑功能区肿瘤的微创手术治疗取得良好的临床疗效。长期从事脑胶质瘤相关临床与分子生物学研究，主持国自然、省市级课题14项，获省市科技进步奖和新技术引进奖17项，发表论文200余篇，其中SCI论文50余篇，先后培养硕博士生30余名。
现任编辑部主任：章文斌，南京医科大学附属脑科医院神经外科主任医师，教授，博士研究生导师，中国医师协会神经调控专业委员会委员、世界华人医师协会、世界华人神经外科协会功能神经外科专业委员会常委，中国研究型医院学会神经外科分会委员，中国研究型医院学会神经微侵袭治疗专业委员会常务委员，中国医疗保健国际交流促进会神经损伤学分会常务委员，中国医药教育协会神经外科专业委员会常委，中国神经调控联盟常务理事，神经外科手术机器人应用示范项目专家指导委员会委员。
虽然本刊创刊时间并不长，但是在稳定中求发展，在发展中求创新，通过不断的努力，临床神经外科杂志形成了科学性强、影响力大、覆盖面广的刊物特色，树立了良好的社会形象，影响因子连续上升趋势，在省内神经外科界享有很高的声誉。
  《临床神经外科杂志》编辑委员会集中了国内各大医院神经外科学术界带头人及其精英，大多数学者年富力强，有丰富的医疗、教学、科研经验。在编委会的指导下，临床神经外科杂志的报道始终紧紧围绕神经外科攻关课题，也非常重视对影响中国神经外科发展的重大问题的探讨。反映神经外科的新成果、新技术、新理论和新经验，内容主要涉及神经外科各类疾病的病因、病理、生理、诊断、治疗及手术技术等，兼顾头颈外科、颌面外科、耳鼻咽喉科、神经影像学等学科。临床神经外科杂志是国内医学学术交流的重要园地，是为中国神经外科事业的发展提供精神动力和智力支持的坚强阵地。
  神经外科杂志自创刊以来，始终保持准期出版。为了促进国际学术交流，论著、临床研究类文章均提供英文摘要。依靠严格的专家审稿制度，刊物的学术质量在省内始终保持领先地位。发表的论著类文章中，90%左右是医学基础研究和临床医学各专业具有国内领先水平的科研成果，部分达到国内先进水平。如今的临床神经外科杂志，论著类文章20％以上都受国家和省部级资金资助，其中8％以上都受国家级资金资助。
  临床神经外科杂志的飞速发展凝聚着众多神经外科专家的支持与关心，当今世界已进入知识经济飞速发展时期，掌握和利用信息成为世界综合国力竞争的重要方向。我国的科技期刊现已达到一定的数量规模。办精品、并争取早日跻身世界先进医学期刊的行列，是临床神经外科杂志矢志不渝的奋斗目标，我们会用智慧和汗水去书写新的一页，创造更加精美的杂志。