（一）水产养殖污染防治取得的主要成果
一是大力发展绿色高效水产养殖模式。“十二五”以来，重庆市水产养殖面源污染防治工作主要通过大力推进健康养殖，创新水产养殖节能减排模式来重点推动，在农业部渔业局和市农委的正确领导下，大力发展生态渔业，主推池塘鱼菜共生池塘综合种养技术、池塘一改五化技术、池塘内循环微流水养殖技术、稻田综合种养产业化配套关键技术等养殖节能减排技术。这些高效生态渔业模式充分立体利用山区特色水域，保证能量充分利用，保持渔业资源和水域环境可持续利用，有利于控制水产养殖对水体的污染。特别是2010年开始，基于生态共生原理，在同一水体中把水产养殖与蔬菜种植有机结合，实现养鱼不换水、种菜不施肥的资源可循环利用的鱼菜共生综合种养模式，较好地改良池塘水质，实现了节水防病、稳产增收，已经连续五年被列为全国农业主推技术。
二是库区渔业资源养护取得新进展。在三库区重点实施增殖放流，在库湾发展水域牧场生态渔业，渔业资源养护取得明显成效。自2011年以来，年增殖放流经济与珍稀鱼类约5000万尾，年投入资金2000余万元；截止目前，在三峡库区建设水域牧场6万余亩，年产鲢、鳙等有机鱼1800吨。利用滤食性鱼类直接摄食浮游动物或浮游植物，然后通过鱼产品的移除（捕捞）消纳氮、磷，有效化解来自消落带和地表径流带来的营养物所造成的富营养化影响，达到保水渔业（以鱼净水、以鱼护水）的目的，库区水质有所好转。
（二）存在的问题
1.池塘基础设施落后
一是池塘改造力度小，池塘老化严重；二是池塘进排水设施不完善；三是提灌设施落后，甚至一些池塘没有提灌设施；四是养殖废水的净化处理设备普及率低，底排污、生物净化等技术应用面积低，废水随意排放现象严重；五是池塘工程化养殖技术在我市实施才刚起步，作为环保零排放的高效技术于近几年才开始应用，普及面相对较低。
2. 发展空间压力较大，养殖模式落后
我市地处山区丘陵地带，属于典型的“鸡窝地，巴掌田”，土地资源稀缺，池塘建设成本较高，养殖受水源条件限制大。饲料价格、池塘租金和人工成本居高不下，因此，养殖者多采用高密度、高产量的养殖模式，大多数的单产在1000kg以上，高的达2500kg/亩。高产量需要大量饲料和鱼药的投入，残饵粪便沉积较多，水质管理不科学，造成池塘水体中氮、磷等物质大量累积，水体富营养化、水生动物疾病频发，水产品品质相对不高，养殖风险较大。部分地区水产养殖面源污染偶有发生。
3.生产者的认识不足
大部分养殖者观念陈旧，知识更新速度较慢，仍停留在传统高密度、高产量的养殖误区，对先进适用的养殖新技术、新模式、新品种、新设备接受度较低，环保意识不强，过多地考虑经济成本与效益，造成“新品种、新技术、新设备”等推广普及力度不高，且缺乏科学喂养技术。传统水产养殖方式和理念不能满足当前消费者对高品质水产品的消费需求，造成了养殖水产品结构性过剩、水产品市场信息不对称、水产养殖盈利能力低下的格局。
4. 渔药使用不当
虽然大部分养殖户都能按照国家的用药标准及投入品使用管理规定使用高效、无(低)毒性的药物,在渔业生产中，仍存在滥用抗生素、激素等现象，残留药物的不断积累在一定程度上会对水产养殖自身质量造成影响。