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1979年2月，为了及时报道中国医学科学院医药卫生科技人员在科学研究、疾病防治等方面的成果和经验，提高医科院医药卫生工作水平，加强国内外的学术交流，经国家科委批准，创办了《中国医学科学院学报》( Acta Academiae Medicinae Sinicae )。《中国医学科学院学报》创刊号作为向国庆三十周年的献礼，于1979年9月20日问世。
创刊时的《中国医学科学院学报》 (以下简称《学报》)为季刊，64克凸版纸，64页。设有论著、研究工作报告、经验总结、综述、学术讨论、学术活动消息和专题讲座、纪要等栏目，每期附英文目录，论著附英文摘要。封面为蓝色，刊头为陈毅同志亲笔题名。1979年为赠阅，1980年始在国内公开发行，1980年3期开始在国内外公开发行。1982年为适应院校科研成果快速增长的需要，《学报》改为双月刊。1982年为体现院校合一的管理体制， 从第4期开始将学报主办单位由中国医学科学院改为中国医学科学院 中国首都医科大学。1984年《学报》封面改为网纹米黄色，中文刊名改用长体美术字；正文改用80克胶版，并增至80页。1985年随着中国协和医科大学复名，《学报》改为中国医学科学院 中国协和医科大学主办。1988年为保证学报质量，并加强责任制，从第4期开始刊登责任编辑姓名。同年，为进一步提高学报的学术水平，促进院校科研工作的发展，以适应开放和竞争的需要，《学报》开始向国内外开放，吸收院校外具有重要创新和重大科研成果的论文在学报发表。自此，《学报》便由仅刊登本院校来稿的“校自为战”的办刊模式改为面向全国各医疗、科研单位的“开放模式”。
《中国医学科学院学报》自1979年创刊至今，相继成立了四届编辑委员会(以下简称编委会)。第一届编委会由70位国内著名专家教授组成，中国医学科学院学术委员会委员均为《学报》编委会委员，黄家驷任总编辑，吴阶平、邓家栋、顾方舟任副总编辑，高正光任编辑部主任。第二届编委会于1987年12月产生, 由14位平均年龄53岁，具有较高专业水平、年富力强、热心办刊事业的专业技术骨干组成，先为顾方舟、后由巴德年任主编，卢圣栋、陈妙兰、李宗彦任副主编。第三届编委会于1998年9月产生，由28位专家组成，巴德年任主编，强伯勤、刘晓程、方福德、陈永生任副主编。第四届编委会于2004年5月产生，由43位专家组成，主编为刘德培，刘谦、强伯勤、甄永苏、何维、方福德、赵玉沛、乔友林为副主编。
《中国医学科学院学报》旨在促进医学信息交流，提高学术水平。主要报道我国在医学科学领域的最新研究成果，刊登具有国内外先进水平的基础医学、临床医学、预防医学、生物医学、药学及与医学有关的边缘学科的高水平、高质量的科研论文。 1992及1996年在国家科委、中宣部和新闻出版署共同举办的第一、二届全国优秀科技期刊评比中分别荣获三等奖和二等奖；是综合性医药卫生类核心期刊和中国被引频次最高的500种科技期刊之一；在2001年新闻出版署主办的“首届中国期刊展”中入选代表我国高水平期刊的“中国期刊方阵双百期刊”；2004 年获卫生部首届医药卫生优秀期刊一等奖和第三届国家期刊奖百种重点期刊奖。