东亚同文书院一直将1892年成立于上海的日清贸易研究所作为自己的办学源头[ 1908年东亚同文书院编纂的《東亜同文書院沿革史》、1940年东亚同文书院大学编纂的《創立四十周年東亜同文書院紀念誌》均将日清贸易研究所的历史列入其中，作为东亚同文书院及后来的东亚同文书院大学的肇始。]，不仅是因为该研究所的所长荒尾精被誉为“三巨人”之一，而且日清贸易研究所的办学方式也深深地影响了东亚同文书院的办学方式，其中书院办学历史上最为自豪的“大旅行调查”也是根源于此。书院第一次离开长三角展开对中国的调查是在1902年的山东之行[ 冯天瑜、刘柏林、李少军编译：《东亚同文书院中国调查资料选译》(上），社会科学文献出版社，2012年，第568页。]。这一次时间也是较短，且途中有的学生会独自再选择自己感兴趣的调查路线[ 东亚同文书院第一届学生冈野增次郎“北清旅行”结束返沪途中，从烟台登陆，横贯山东，历时二十余天，提交的调查报告《山东旅行记》，原文刊登在《东亚同文会报告》1903年第40—43回。现见于藤田佳久监修：《東亜同文會報告》第九、十卷，ゆまに書房，日本平成二十三年（2011年）。]，学院方面对此至少是默许的。此后组织学生离开长三角地区到中国各地旅行调查渐成定规，尤其是第二批学生波多野养作、三浦稔、林出贤次郎等五人奉日本外务省之命完成了对中国内蒙古、新疆等地的考察，更是给了书院的学生很大的鼓励，日本外务省从此提供了特别资金赞助，而书院也借此全面展开更大规模、更远距离的对华调查。从《支那省别全志》直隶卷、山东卷可以看到，从1907年到1915年间，除1909年外，皆有对山东的调查[ 東亜同文會編：《支那省別全誌》山東卷，凡例，東亜同文會，1917年。]。对直隶的调查，则是从1907年到1918年间，年年不落[ 東亜同文會編：《支那省別全誌》直隸卷，凡例，東亜同文會，1920年。]。笔者搜集的1907年第五期学生组织的“北清”调查路线中，芝罘驻在班对烟台的调查，留下了非常详细的调查报告[ 原件藏于“中央图书馆台湾分馆”并做成了缩微胶卷，后由爱知大学购入。]。
根据东亚同文书院学生的调查，东亚同文会组织编纂了《支那经济全书》和《清国商业综览》。这两套书的出版几乎在同一时间。陈锋的《清末民初年间日本对华调查报告中的财政与经济资料》对《支那经济全书》有比较全面的介绍[ 陈锋：《清末民国年间日本对华调查报告中的财政与经济资料》，《近代史研究》，2004年第03期。]。《支那经济全书》于1906年12月开始出版，到1908年9月出齐，是对东亚同文书院前六年在华调查的初步总结，陆续刊出十二册。这是从两万页调查报告中梳理出来的[ 東亜同文會編：《支那經濟全書》绪言，丸善株式会社，1907年。]。根岸佶作为早期调查活动的指导教师，不仅全程指导了学生的调查，并为后续调查拟定需要继续调查的方向，而且作为研究者，他还亲自主持编纂了《清国商业综览》。
《支那省别全志》共十八册，从1917年到1920年陆续出齐。调查涉及中国“本部”十八个省，即广东省（附香港澳门）、广西省、云南省（附海防）、山东省、四川省、甘肃省（附新疆省）、陕西省、河南省、湖北省、湖南省、江西省、安徽省、浙江省、福建省、江苏省、贵州省、山西省、直隶省。在编排体例上，《支那省别全志》的各卷主要篇目框架设置基本一致，基本的内容分为总说、开埠市场、贸易、都会、交通运输及邮电、主要物产及商业习惯、工业及矿产、进口商品、商业机构、金融货币及度量衡等编，另外在书中还有部分照片和绘图，这是学生在调查过程中搜集和自己拍摄的照片。
另外，每年学生们的调查日记汇编为一册，目前可见的有从1908年的《踏破录》到1943年的《大陆纪行》共三十三卷。这些日记性质的文字对研究近代中国的社会史也有一定的参考价值。