农民合作社是发展现代化大农业和精准扶贫、精准脱贫的主要载体，是连接农户、农产品进入市场的重要主体，也是推进农业组织化、规模化的重要组织形式。近几来，全县农民专业合作社得到快速发展，在推进现代农业、增加农民收入和带动农民脱贫致富中发挥了越来越重要的作用。但目前存在的一些问题，严重制约或影响了农民专业合作社发展，必须引起高度重视予以解决。
1、思想认识不高。乡村两级对发展农民专业合作社的重要性、必要性缺乏足够认识，工作不够主动，发展思路不宽。大多数农民群众思想保守、文化程度低，对农民专业合作社了解不够，误将专业合作社等同于村级合作经营组织，担心加入合作社后，自身利益会受到损害。
2、辐射带动能力不强。建立合作社的主要目的是为社员提供生产资料的购买，农产品的销售、加工、贮藏以及与农业生产经营有关的信息、技术服务。部分合作社对社员的服务仅局限于产前农资统一采购、产后农副产品销售初级合作服务，缺少提高农产品附加值深加工的认识，在信息搜集、技术引进、社员培训等方面存在着小农意识。在标准化生产、农产品加工、品牌化经营等方面的作用尚未发挥出来，带动性不强，没有运转起来，没有开展实质性业务，存在 “空壳社”、“挂牌社”和“家庭社”。
3、经营管理人才缺乏。目前，全县农民专业合作社的领办人主要是种养大户、农民经纪人、村组干部等，加之青壮年年劳动力输出较多，农村中具有较强市场意识和经营管理能力的懂技术、会经营、能管理的复合型人才严重短缺，在很大程度上制约了农民专业合作社的创新和发展。
4、合作社运营不规范。一是规章制度不健全，有些大户盲目的登记注册领取了营业执照，各种运作机制尚未建立。二是财务管理不规范，缺乏专业财会人员，账务记载和会计核算不规范，收益分配偏离分配原则。三是自我发展动力不足，大部分合作社基础设施投入少，生产条件差，等靠政策扶持发展。