中印尼能源合作虽然基础牢固，成果丰硕，但我们也应清醒认识到，两国在能源合作中也存在不少挑战，这些挑战来源复杂，涉及不同领域，有些甚至会随着时间推移而日益尖锐，因此，如何妥善处理这些挑战对两国而言均非易事。本文仍从国家间能源贸易、政府间能源合作、民间企业能源投资这三个维度出发，依次分析两国在能源合作中各自面临的主要挑战。

3.1 就两国能源贸易而言
中国面临的挑战是：在有限资源和买方竞争的情况下如何保障和扩大印尼对华煤炭和天然气出口。质优价廉的印尼煤炭和天然气对于中国东南沿海而言意义重大。然而，进口印尼煤炭和天然气也面临两大制约因素：一是印尼国内的能源平衡政策，随着石油资源的短缺，印尼政府一直竭力开发国内煤炭和天然气市场，此举势必会压缩相关能源出口。二是买方市场竞争，例如印度一直希望印尼成为其最主要的无烟煤进口来源国；日本、韩国和台湾地区是印尼天然气的主要买方，其进口份额要大于中国。
印尼面临的挑战是：在满足自身能源需求的同时如何缩小甚至逆转对华贸易逆差。作为世界第4人口大国和第15大经济体，印尼主要能源消费增长迅速。据BP公司统计数据，2017年印尼主要能源消费量较2016年同比增长5%，与当年的GDP增速相当。具体到石油领域：自1962年加入石油输出国组织（OPEC），印尼的石油生产在1977年达到峰值并持续近20年，此后产量迅猛下降，从巅峰时期的8490万吨下降到2017年的4640万吨，40年间产量同比下降了83%。如果以2017年的产量来计算，印尼现有的石油储量仅供开采9年。煤炭和天然气作为印尼的优势资源，虽然短期内没有枯竭的危机，但是随着印尼政府不断加大国内电力基础设施建设和燃气管网建设，印尼国内消费市场日益壮大，如2017年印尼煤炭消费5720万吨油当量，较10年前增长了81.6%。与此同时，印尼在两国的货物贸易中却连年处于逆差地位，例如，2017年印尼对华货物贸易逆差129.6亿美元，占到了双边货物贸易总额的22%[ 中国商务部：《国别贸易报告·印度尼西亚·2018年·第1期》，2018年4月25日，https://countryreport.mofcom.gov.cn/record/qikan110209.asp?id=10106。]，考虑到前文能源在印尼对华贸易中的重要地位，如果印尼政府减少对华能源出口以优先满足国内需求的话，印尼的对华贸易逆差势必会进一步扩大。因此，如何平衡国内煤炭、天然气消费市场与能源出口创汇份额，考验着印尼政府的智慧。
3.2 就两国政府能源合作而言
中国政府面临的挑战是：面对未知风险如何保障本国在印尼的能源投资利益。中国保障海外利益主要问题在于缺乏监督保障机制，这主要体现在两个方面：一是已签署的政府间合作协议存在违约风险，在两国五届能源论坛已公开的合作协议中，“东加里曼丹至东爪哇的天然气管道建设项目”、“占碑（Jambi）和南苏门答腊生物柴油发展项目”和“东加里曼丹煤炭开采合作项目”[ 根据协议，印尼 PT Bumi Dharma Kencana公司将与Lark广东电力资源有限公司签署“东加里曼丹煤炭开采合作项目”，金额3.5亿美元。然而，笔者未能在PT Bumi Dharma Kencana公司官网上找到相关信息，更令人疑惑的是，根本不存在“Lark广东电力资源有限公司”，故推测项目并未执行。]等协议均未得到执行。二是缺乏海外投资保障制度和相关法律，由于能源的政治属性，印尼对外来能源投资实施有管制和限制，而中国保护海外利益的相关法律、法规并不健全，国家对海外利益的支持和保护力度仍然不够。舆论引导力不足主要表现是“中国威胁论”在印尼还有市场，尤其是每当临近总统大选的“政治年”，“中国问题”始终会被别有用心的政客炒作利用。这威胁到在印尼中国企业的利益。
印尼政府面临的挑战是：在开发能源吸引投资的同时如何保护环境以及提升本国投资便利度。由于印尼的煤层大部分接近地表，例如，在2009年印尼开采的2.56亿吨煤矿中，约95%来自地表采矿，加上印尼部分地区原始的“烧芭”习俗，印尼的森林植被破坏严重。截止到2012年，印尼已经有约840000公顷的森林植被消失，消失速度已经超过巴西，成为世界上森林植被消失速度最快的国家。同时，化石能源消费也为印尼带来环境污染问题和碳减排压力。保护环境重要，但发展能源产业也非常紧迫。如何提升本国投资便利度也是印尼政府必须面对的挑战，作为一个发展中国家，印尼的能矿开采十分粗放，亟需引进吸收外国先进的技术设备和管理经验以促进自身能源产业升级，因此，提升本国投资便利度，降低外来投资者风险，大力吸引外资便是印尼当前经济发展的重要一环。