研究发现与食欲、食物摄入量、能量平衡、新陈代谢和体质量相关的脑-肠轴（其以神经-内分泌-免疫调节网络为核心）对PCOS的发病、发展有着非常重要的影响。而作为被称为“成人的第二大脑”的肠道菌群是脑-肠轴之间信息交流的主要介导者脑-肠轴与多囊卵巢综合征发病关系的研究进展。结合相关研究脑-肠轴与PCOS发病理论相关性可分为：其一，肝脾失调论。旺建伟等[ 旺建伟, 金颖慧, 齐德英等.痛泻要方对脑肠肽含量的作用与脑-肠轴调控相关性的实验研究研究发现情志因素-肝郁-脾虚-肝旺乘脾理论与现代医学脑-肠轴(神经-内分泌-免疫体系)学说有相吻合之处，观察到痛泻要方可以调节多种与胃肠运动密切相关的脑肠肽的含量（主要包括生长激素释放多肽、胰高血糖素样肽-1、酪酪肽和胆囊收缩素）。有学者随即提出肝脾相关的现代生物学基础为脑-肠轴学说，其失衡的实质可能是气机紊乱从脑肠关系认识气机紊乱的实质。
其二，心胃相关论。脾胃亏虚致血液化源亏乏, 而致心血亏损, 心神失养,久则心脉之气不足, 运血无力, 终至气虚血瘀。或心主血脉功能失常，或心与肾、肝、脾、肺的功能关系失调，上述均可引发PCOS，致月经失调、不孕论心与多囊卵巢综合征性不孕症的相关性。PCOS的中医学病因主要是肾-天癸-冲任-胞宫轴失调，涉及肝、脾、肾三脏，其中以肾虚为主。肾虚则天癸迟至，脾虚则痰湿内生，肝失疏泄则气机不畅，血行瘀滞。虚、痰、瘀、热互结，虚实错杂，冲任不能相资，胞宫藏泻失常，以致月经失调、闭经、不孕。其中气机的圆运动贯穿轴线始终，涉及脏腑、经络，肝脾助肾水以温升，上济心阴，肺胃助心火以凉降，下温肾阳，而中焦脾胃是气机升降之枢纽，升已而降、降已而升，循环往复，如环无端，升降始终保持动态平衡。若“气病”，日久则形成痰湿瘀等病理产物，而致“形病”。甚至有学者提出肝郁是PCOS 最基本的病理变化。诚如彭子益《圆运动的古中医学》曰:“五行的运动圆，合成一气...运动不圆,升降不交,各现各气,则病风、热、暑、湿、燥、寒”。叶天士《临证指南医案·郁》又有云：“郁则气滞，其滞在形躯，或在脏腑”。气机调畅，升降相因，乃是调病根本。所以，调经助孕，不可忽视“宁心、疏肝”以达到下滋肾水、中调脾胃。