随着中医中药与微生态的本质联系被逐步揭示，如中医的整体观、阴阳学说、天人相应、正邪交争、阴阳失调及脏象学说等诸多方面均涵盖着与肠道微生态学相关的内容。目前肠道微生态在中医证候方面的研究主要集中在脾虚证、肾阳虚衰证、湿热证、脾虚湿盛证等。而与肠道菌群密切相关的胰岛素抵抗、代谢综合征的中医病机证候的基本共性为痰浊、脾肾两虚，这与其所致多囊卵巢综合征的病机暗合。所以进一步深化证候表型的研究将更全面揭示中医辨证论治的科学内涵。
1.2.1阴阳失衡，发病根本
阴阳学说是中医学理论基本学说之一，《素问·生气通天论》中曰：“生之本，本于阴阳。”二者对立制约、消长平衡、互根互用，维持着动态平衡，就如《素问·阴阳应象大论》中曰：“阴在内，阳之守也；阳在外，阴之使也”、“寒极生热，热极生寒”。阴阳是自然界的根本规律，是事物生老壮老已的根源。人体阴阳最优协调的状态，即“阴平阳秘，精神乃治”。反之则如《医理真传》曰：“万病一阴阳耳”，“发病损伤各有不同，总以阴阳二字为主，阴盛则阳必衰，阳盛则阴必弱，不易之理也”。
月经者，常候也，调候其一身之阴阳愆伏，知其安危，故每月一至，太过不及，皆为不调，阳太过则先期而至，阴不及则后期而来，其有乍多乍少，断绝不行，崩漏不止，皆由阴阳衰盛所致。PCOS临床多态表现之根是肾阴阳失衡，累及它脏，变生多症。夏桂成教授认为PCOS重在经后期，主要病理变化归咎于肾阴癸水不足,卵子发育障碍,痰湿内蕴,卵巢呈多囊样改变。然阴长固然重要，但结合阴阳气血的动态协调关系，恢复阴长必须要有动、升，故常于静中求动，降中有求升，以燮理阴阳为关键。治应“谨察阴阳所在而调之，以平为期”。
肠道微生态平衡是涵盖物质、能量与基因的动态平衡，其与宿主、环境是相互依赖、相互作用的一个统一有机整体，同一个体肠道内菌群的结构和数量，在时间及外环境改变下，均会产生不同的变化，但在一般正常情况下始终维持着相对平衡的状态，即“内稳态”，与人体保持一种互利共生的相对平衡状态，保证机体健康，若这种相对平衡状态一旦被打破，则出现菌群结构组合异常使肠道微生态失衡，疾病产生。由此可见，肠道微生态平衡内涵与中医阴阳平衡观的内涵是相一致的，是故“亢则害，承乃制，制则生化”。
1.2.2健运脾气，杜绝病理产物，调病之本
PCOS 的发病与肝、脾、肾三脏密切相关。肾精不足、冲任亏虚，脾肾亏虚、痰湿内生，或肝气郁结、内生郁热，则发为此病。然孕育之本在于肾，荣养之源根于脾，脾为“后天之本”，如恣食肥甘厚味，损伤脾胃致痰湿内生；或肾阳虚，脾阳失于温煦，脾肾阳虚，水失运化，湿聚成痰，痰湿下注，壅塞冲任。如《景岳全书·痰饮》提及: “五脏之病，虽俱能生痰，然无由乎脾肾，盖脾主湿，湿动则为痰，肾主水，水泛亦为痰。故痰之化无不在脾，而痰之本无不在肾”。可见，痰浊的形成主要归于脾肾功能失调。痰湿阻滞经络，冲任失调，胞宫血海无法满盈，见月经后期，甚则闭经；痰涎壅盛，躯脂满溢，脂膜壅塞胞宫，无法摄精成孕；痰湿凝聚胞中，与血互结，日久而为癥积，可见卵巢呈多囊样改变，包膜增厚，致排卵障碍；痰郁日久化火，症见痤疮、多毛等阳实之症，且热扰冲任，易致胎元不固。刘新敏等以中国期刊全文数据库为检索源，对PCOS证候及证候要素的频次进行分析，单证候频次居前3位的是脾肾亏虚、痰湿、血瘀，可见“痰湿”作为一种病理产物，是PCOS 的重要致病因素，“壅滞中焦，伤及肠腑”、“闭阻胞宫”而发病。因此，PCOS根本病机乃为脾肾两虚为本，痰湿、血瘀互结于胞宫为标。故而论治PCOS之时，既要重视疏肝补肾，亦不可忽视脾气的培补。正如傅青主所云：“补肾而不补脾，则肾之精何以生也，是补后天之脾，正所以补先天之肾也。” 脾气升则肾肝之气升，胃气降则心肺之气降，故而中土旺，气机升降得舒，水精四布，五精并行，微生态自然内稳。
中医学理论中无“肠道菌群”这一说法，但中医脾胃学说与胃肠道微生态有其高度相似性。肠道微生态的生理功能敏锐反映在周身脏腑、气血津液、精气神等诸多方面，尤其是脾胃功能。随着各种“组学”技术（如转录组学、蛋白质组学、代谢组学、宏基因组学）的迅速发展，更加有力肯定了中药有效成分与肠道菌群的相互作用，发现健脾、醒脾类中药可以调节肠道菌群组成，保护肠道黏膜屏障功能，防止肠菌移位，恢复菌群平衡状态，达到治疗疾病的目的。部分研究也发现PCOS患者的胰岛素抵抗、慢性炎症反应等与其体内肠道通透性增加、肠道菌群失调有密切联系，这些研究提示了肠道菌群参与了 PCOS 的发病机制，但是否又是PCOS的代谢紊乱导致了肠道微生态的紊乱，有待深入研究。已有学者提出肠道菌群可能是中医药治疗疾病的潜在靶点
1.2.3膏脂转输失常，病邪内生
膏，脂也。膏脂来源有其二，其一多食肥甘厚味之品。如《素问·通评虚实论》曰:“肥贵人，则膏粱之疾也。”其二源于水谷精微转化而来。如《灵枢·五癃津液别》中言“五谷之津液，和合而为膏者，内渗于骨空，补益脑髓，而下流于阴股。”“三焦气化”为膏脂主要运动形式，布散精微至周身脏腑。若脏腑功能失调，膏脂过剩即“脂凝、脂结”，易助湿增痰，这与PCOS脂代谢、胰岛素抵抗的内分泌功能紊乱极其相似。
脾的生理功能正常与否决定了膏脂的生成与转输。张志聪在《黄帝内经灵枢集注》中曰:“中焦之气，蒸津液，化其精微，……溢于外则皮肉膏肥，余于内则膏肓丰满”，水谷精微的运化和输布，无不在于脾。若数食高粱厚味，致使膏脂过剩留于经脉而壅塞动缓、气化不行，凝结则形成脂凝或脂结，不归正化，久成痰瘀阻络之势；溢余经脉之外则积于皮下，积于脏腑，导致肥胖、代谢综合征、糖尿病等疾病的产生。诚如《素问·通评虚实论》说:“肥贵人，则高粱之疾也。”肥胖与PCOS是两类疾病，但肥胖确是PCOS的常见表现，PCOS中肥胖患者比例为20%-60%，其中肥胖型PCOS患者高胰岛素血症的发生率为75%，对生育能力影响很大，远期增加患者糖尿病、心血管病罹患高风险。古文记载：“肥人多痰，乃气虚也，虚则气不运行，故痰生之”、“妇人有身体肥胖，痰涎甚多，不能受孕”。
肠道微生物稳态是“脾主运化”功能正常的重要体现，又是脂质正常代谢的重要保障，有学者认为肠道微生物稳态失衡是脾虚膏脂转输障碍的关键环节，课题组运用全转录组技术对脾虚痰浊造模小鼠的肝脏进行基因表达谱分析，初步发现在脾虚痰浊高脂状态下，肠道微生物可能通过驱动了TMA/FMO3/TMAO通路来影响膏脂转输。另有研究发现，肠道微生物可通过其产生的多种信号分子影响肝脏脂质、胆汁酸代谢，尤其在胆固醇逆向转运途径进行调控。可见，肠道微生物稳态失衡是膏脂转输障碍关键环节。