近年来，中药对肠道微生态的调节作用已逐渐被阐释，无论是临床研究，还是动物实验，单味中药或者复方，均被证实可通过改善肠道菌群结构、增加有益菌群、降低致病菌等来控制体重、改善内毒素血症和胰岛素抵抗等，从而达到预防肥胖及其他内分泌代谢紊乱性疾病的发生和发展的作用。吴国琳等整理近10 年来中药调整肠道菌群的相关文献，多以健化益气、化湿止泻、清热解毒、通便理气、消食化积等方药为主。以下将简述中药单体（或提取物）及中药复方通过调节肠道微生态来治疗胰岛素抵抗、代谢综合征、肥胖中的研究进展，以期找到治疗PCOS的新思路和研究方向[ 中医药通过调节肠道菌群抑制肥胖和炎症相关疾病的进展研究]。
2.1中药单体
小檗碱（黄连素），可以对高脂饮食所致大鼠肥胖与IR有预防和治疗作用，并促使肠道内短链脂肪酸生成菌大量富集，条件致病菌下降明显，进而可以缓解炎症反应；灵芝，有研究者将其主要水提取物(WEGL)添加到高脂饮食诱导的肥胖小鼠食物中，发现不仅可以减轻肥胖小鼠的体重、改善炎症反应、增加胰岛素敏感性、调节肠道菌群生态紊乱，并且维持了小肠屏障的完整度，降低了代谢性内毒素血症的指标水平；白术，能够在抵抗肥胖的同时促进益生菌的增长、提高有益菌的占有比例、降低血清三酰甘油水平、提高血清高密度脂蛋白水平;麦冬，其主要成分麦冬多糖，能够在不同程度上缓解自发性肥胖型T2DM KK-Ay小鼠的糖尿病症状，改善小鼠糖耐量，调控肠道菌群平衡，等等。
2.2中药复方
葛根芩连汤，章常华课题组研究发现其可改善KK-Ay小鼠糖脂代谢水平，改善T2DM 胰岛素抵抗，以及调节肠道菌群结构，且其抗T2DM 胰岛素抵抗作用可能与其改善LPS，TNF-α，IL-6等炎症因子有关；参苓白术散，能够扶植厌氧菌和抑制需氧菌，从而对肠道失调菌群进行调整，揭示肠道菌群与肠道内毒素、炎症因子以及胃肠激素水平之间存在的相互联系，并且可以调节免疫功能。七味白术散，具有健脾益气功效，临床总结其对多种胃肠道疾病均具有较好疗效，有研究通过抗生素联用造模、传统和超微中药治疗、传统微生物计数和肠道酶活性分析后，结果证明了七味白术散能够促进大量有益菌的生长，并提高肠道酶活性，从而改善肠道微生态。
中药单体或中药复方远不止举例的上述研究，比如前胡、黄芪、菊花、女贞子等单体，黄连解毒汤、王氏保赤丸、四君子汤及补益肝肾类等复方，大量的临床及动物实验研究证实了中医药在调节肠道微生态的肯定性，及治疗相关疾病的可行性及安全性，值得进一步深入研究。
肠道菌群作为内环境因素，可与宿主相互作用，多项研究已经证实肠道菌群可能通过多种途径、多种因素参与PCOS的病理生理过程的发生和发展，但究竟谁是机理的引导者，尚不知晓。由于PCOS疾病的特殊性，及终身性，并非短期速效，此刻中医药凭借其独特的理论体系和诊疗方法在治疗PCOS中体现出了显著的优势，尤其中医药干预治疗对PCOS患者肠道微生态的影响，目前在国内尚未见临床研究报道，有深入研究的必要性及价值，可以为现代生殖内分泌医学领域提供了一个崭新有效的途径。