1省级层面
经济不太发达地区，其省内三级医疗机构和北、上、广、深的三级医院的服务能力仍有较大差别。三级医院对口支援贫困地区县级医疗机构的任务分工中，省三级医疗机构也对口帮扶省内贫困地区的县级医疗机构。省三级医院数量少，需要对口帮扶的贫困县医院较多，存在“一对多”的情况，省级医疗机构在人、财、物的压力较大。省级医院派驻的医务人员，如果受援医院监管考核不严的话，往往人浮于事，不在岗的情况时有发生（比如有的医生，因为省会城市和受援医院距离不算太远，可能经常回到省会城市）。此外，各部门都非常重视健康扶贫工作，在医政有三级医院对口帮扶，在妇幼、中医药也有对口帮扶任务，但是执行都在省级医院层面，省级医院也普遍存在人手不足问题。
2县级层面
2.1人员人才问题。贫困地区县级医院普遍存在医疗技术人才匮乏，人员结构老化，学历低的问题。国家制定县级医院、乡镇卫生院招聘临床医生的标准至少是本科，同一个岗位同时必须满足1:3的招考比例，导致招人难在贫困地区更突出。而贫困地区生源地医学生毕业人数少，即使毕业也不愿意回家乡工作，加剧人才引进困难。课题组调研的深度贫困县医院近几年都未招到人，没有年轻人员补充到服务团队，在院医务人员青黄不接，平均年龄已接近45岁。部分地区由于没有新增编制，现有的医务人员满负荷运行，部分科室基本派不出人员外出进修。即使派出进修培训的医生，但是因为自身职称低，甚至有些人员没有执业医师资格，只能以理论学习为主，实践操作机会少，服务能力很难获得实质性提高。
2.2学科建设问题。贫困地区县级医院高技术职称人才缺乏，医院分科不细，一般只有普外科、综合内科、妇产科、儿科等设置，很难以像大型医院那样非常专科化（支援医院一般分科特别细）。调研发现，上海支援医院派驻的医生专业技术高，受援医院因为人才缺乏，医疗检查设备比较差，如骨科没有开展相关手术的最基本设备如手术牵引床等，支援队到了派驻医院很难发挥作用。目前，贫困医院特别薄弱的是妇产科、儿科、影像诊断科、病理科、重症医学科等专业，而这同时也是支援医院在内所有医院都比较紧缺的专业，增加帮扶难度。
2.3发展规划问题。贫困地区县级医院的院长常常由临床医生兼任（没有懂管理的院长），管理水平一般也不高，难以提出对医院的发展规划。也不能明确提出自己医院的发展需求，存在对口支援供需不匹配的问题。调研发现，支援医院下派人员以主治医师为主，管理、质控人员少，几乎各批次医疗队均未能派出医院管理人员参与对口帮扶，受援医院也未能大胆任用派驻人员担任医院副院长或科室负责人等职务，在发挥派驻人员参与医院管理，建设专科团队的积极性方面还有待加强。
2.4宣传引导问题。贫困地区对对口帮扶政策宣传力度不够，调研的医疗机构分别接受了来自上海、北京、广东医疗队的支援，但在患者中的知晓度不高。调研医院也接受了各支援队赠送的远程医疗服务设备，但在院内的政策宣传引导不够，导致医生也较少开展远程医疗服务，患者也不太信任远程医疗。即使有的医院开展了远程医疗，医院为了提高医院工作效率，往往需要等积累到一定数量病例才开展，也导致有些患者不愿意等待而直接转院到高级别医院。受援医院的远程治疗服务目前尚在起步阶段，远程查房、远程病理及医学影像诊断还未能正常开展，面临技术和费用双重难题。
2.5保障机制问题。目前支援医院对派驻人员基本建立了考核监管机制，定期对派驻人员进行考核和奖惩。受援医院没有相应的绩效考核机制，或仅仅浮于表面，缺少对派驻人员的实质监管，可能会影响到对口支援的实际效果。而国家有关对口帮扶经费补助标准还是2015年制订的每人2.4万，已经不能满足实际的工作需要，支援医院为了鼓励符合条件的医生参与支援工作，财务负担比较重。而受援医院也没有政府部门制定的政策文件，允许其对支援队发放绩效工资，从而提高支援队伍参与工作的积极性。